Khi viết lại truyện cổ tích Sự tích Đá/Hòn Vọng phu thành vở kịch Linh hồn của đá, Lưu Quang Vũ đã biến đổi động cơ hoạt động của nhân vật Vịnh. Cốt truyện dân gian kết thúc ở việc nàng Tô Thị bồng con hoá đá và người chồng đi biệt xứ không về thì ở tác phẩm của mình, Lưu Quang Vũ lại đi sâu vào tâm trạng của người chồng - người anh khi phát hiện ra sự thật trớ trêu: mình đã lấy nhầm em gái. Thực ra với em gái, Vịnh đã hai lần vô tình phạm tội và cả hai lần đều chạy trốn vì tội quá lớn: tội giết em và tội lấy em. Chỉ vì tưởng mình đã giết em mà Vịnh lúc còn nhỏ dại đã quá sợ hãi và bị những gã lái buôn ép buộc bắt đi nên trở thành một người cô đơn, trơ trọi, sống không quê hương, gia đình, người thân. Nhưng thời
gian trôi qua, ký ức về ngày xưa cũng mờ dần trong Vịnh để cho số trời dun rủi cho anh tìm được người con gái anh yêu thương và hạnh phúc đến với họ vẹn nguyên, trong lành. Hạnh phúc quá mong manh khi sự thật phũ phàng phơi bày để Vịnh biết mình không giết em nhưng đã lấy em. Trời đất quay cuồng và tất cả dường như sụp đổ. Là một người anh thương em, một người chồng yêu vợ, nên tội lỗi mà anh mắc phải - tội loạn luân là không thể lường nổi với một người biết coi trọng nghĩa tình và sống theo đạo lý như anh. Sự ra đi của anh ở lần thứ nhất, Thanh còn biết được lý do nhưng ở lần thứ hai và cũng là lần sau cùng, cô mãi mãi không thể hiểu vì sao. Nỗi khổ của Thanh càng làm cho lòng Vịnh quặn thắt. Có tội lỗi nào đáng thương và cũng đáng sợ hơn tội lỗi mà Vịnh đã gặp phải. Hạnh phúc của Vịnh đã đối nghịch với truyền thống, với quy luật, với luân thường. Thanh từng mất gia đình, mất anh nhưng mất chồng, mất đi bến bờ che chở, mất đi hạnh phúc tưởng đã vững bền mà không hiểu vì sao là mất mát lớn nhất. Còn Vịnh, anh đã mất tất cả. Mất đi sức mạnh, niềm tin, quyền được sống của một con người đáng được sống nhất.Sự thật, không phải lúc nào cũng mang lại hạnh phúc, niềm vui cho con người. Trong vở kịch này, sự thật cần phải định giá lại ý nghĩa của nó.
Kịch bản có 6 cảnh nhưng có tới 4 cảnh tập trung vào xung đột nội tâm của Vịnh. “Giời ơi, sao lại có thể như thế được? Sao ông giời ghê gớm đến mức sắp đặt ra những chuyện khủng khiếp dường này?… Sao tôi có mắt mà như kẻ mù loà? Sao tôi lại đến cái xóm này?... Trời ơi! Có ai trên đời khổ như tôi, đáng chết như tôi?”[59; tr.207]. Vịnh đã sốc và mất cân bằng cao độ. Bao nhiêu câu hỏi bật lên. Quá khứ lại trở về trong anh, với một tuổi thơ có anh trai - em gái, chỉ vì một lần lỡ tay mà đường về của anh bị chặn lại và giờ đây là vĩnh viễn.Đối diện với hiện tại, Vịnh không biết xử sự như thế nào với vợ con. Những lời quan tâm, âu yếm của Thanh càng làm cho anh sợ hãi và tự vệ. Nội tâm Vịnh thì đã có bao nhiêu sự giằng xé đau đớn xảy ra. Vịnh dường như không còn biết mình tồn tại như thế nào, ý nghĩ lộn xộn và quay cuồng: “Không nên để cô ấy biết thì hơn… Điều bí mật ghê gớm này nên chỉ để mình tôi biết… Cô ấy đấy, vợ tôi, em gái tôi… Trời, đến bây giờ tôi vẫn không sao hiểu nổi, tại sao lại như thế?…” [59; tr.213]. Anh không nói mà suy nghĩ rất nhiều. Nhìn bàn chân con gái không có ngón, nỗi đau của anh như hiện hình, di chuyển. Vịnh đang đối diện với sự thật phũ phàng, với nỗi đau có thật. Anh sống mà như chết, mất đi cảm giác về mọi thứ xung quanh, dường như không đủ sức gượng dậy. Duy chỉ có một điều anh vẫn đủ tỉnh táo để không quên, đó là giữ nỗi đau cho riêng mình, cái bí mật nặng nề mà anh phải mang suốt phần đời còn lại. Anh đang bị đày đoạ, bị làm tội sống, cái tội xét đến cùng không phải do anh gây ra.
Không thể làm gì khác để vùi đi sự thật. Vịnh thay đổi, cố lăn mình vào những thú vui, cố tình làm cho Thanh ghét, tự xử bản thân để lại thấy càng khổ sở hơn. Trên cõi đời này không còn chỗ trốn cho anh. Không có lực lượng nào đủ sức mạnh, quyền năng để cứu rỗi linh hồn cho con người đang mang mặc cảm tội lỗi. Sự ân hận, day dứt không thể chia sẻ được với ai. Thanh đau một thì anh đau gấp mười vì không giây phút nào anh tìm lại được sự thanh thản của cuộc sống trước đây dù đất trời vẫn thế “...Mới cách đây vài hôm, tôi còn sống yên lành, sung sướng... có gì khác đâu: vẫn trời biển, vẫn núi non, vẫn nắng ấy, màu mây ấy... nhưng tôi không còn sống được như xưa...” [59; tr.218].
Những phản ứng tâm lý của Vịnh là điều dễ hiểu, dễ thông cảm. Thanh luôn tỏ ra là một người phụ nữ có tấm lòng bao dung, độ lượng. Cô tin vào bản chất chứ không tin vào sự thay đổi bên ngoài dù lời nói của Vịnh thật cay độc. Trái tim độc giả như quặn thắt cùng nỗi đau của Vịnh. Lưu Quang Vũ đã đặc tả, cực tả tâm lý nhân vật với tất cả bút lực. Ông sống cùng nhân vật, hoá thân vào nhân vật. Nỗi đau nào cũng có giới hạn. Sự thật đồng nghĩa với nỗi đau đã hành hạ thể xác, tâm hồn Vịnh biến thành vết thương đau nhức không bao giờ liền da. Hạnh phúc tan vỡ mất rồi. Vịnh cay đắng nhận ra: “Điều làm ta chia lìa, lại chính là điều đã làm ta gắn bó...”[59; tr.230]. Và rồi sau tất cả, Vịnh nhận ra rằng anh không thể sống như trước được, phải thay đổi một điều gì đó để cho nỗi đau bớt dai dẳng. Đã đến lúc Vịnh cần phải có một sự lựa chọn, cần phải giành lại quyền chủ động để đối diện với nỗi đau. Phải chăng việc dốc cạn nỗi lòng với bố vợ cũng là cách để anh tìm kiếm một lời khuyên, một lối thoát cho bi kịch? Nỗi đau của Vịnh thật khó để vơi đi nhưng lẽ sống của anh thì đáng quý biết chừng nào.