Ủy ban Thẩm phán
Tòa án là nơi tổ chức xét xử các vụ án, tạo các điều kiện cần thiết để HĐXX xét xử vụ án nên tại Tòa án có rất nhiều mối quan hệ với HĐXX. Tuy nhiên khi xem xét những mối quan hệ có liên quan đến hoạt động tố tụng của HĐXX ta thấy nổi lên là mối quan hệ của HĐXX với Chánh án, Phó Chánh án, Ủy ban thẩm phán (của Tòa án cấp tỉnh).
Theo quy định tại Điều 38 BLTTHS, Chánh án là người tổ chức công tác xét xử của Tòa án, quyết định phân công Thẩm phán, Hội thẩm giải quyết, xét xử vụ án hình sự, quyết định việc thay đổi Thẩm phán, Hội thẩm trước khi mở phiên tòa. Khi Chánh án vắng mặt một Phó Chánh án được Chánh án ủy nhiệm thực hiện nhiệm vụ, quyền hạn của Chánh án.
Đây là mối quan hệ còn được điều chỉnh bằng các quy định khác của pháp luật như Luật Tổ chức Tòa án, Pháp lệnh Thẩm phán và Hội thẩm nhân dân…Mối quan hệ này mang tính đan xen giữa hành chính và tố tụng. Đó là việc phân công công tác của thủ trưởng cơ quan cho nhân viên và những người thuộc quyền quản lý của mình. Trong hoạt động tố tụng HĐXX không bị ảnh hưởng của Chánh án (hay Phó Chánh án) trong việc xét xử vụ án. Không có quy định nào buộc Thẩm phán hay Hội thẩm phải chịu sự chỉ đạo của Chánh án hay Phó Chánh án khi xét xử. Khi xét xử, Thẩm phán và Hội thẩm độc lập và chỉ tuân theo pháp luật.
Tuy nhiên trong thực tế tại không ít các Tòa án trước khi xét xử hoặc sau phần tranh luận, trước khi nghị án, Thẩm phán phải báo cáo nội dung vụ án với Chánh án hoặc Ủy ban thẩm phán (ở Tòa án cấp tỉnh) để xin đường lối giải quyết vụ án, thậm chí là duyệt trước mức án. Việc làm này ảnh hưởng
không nhỏ đến tính độc lập của HĐXX, làm cho Thẩm phán, Hội thẩm không chủ động trong xét xử, thậm chí bị chi phối bởi đường lối giải quyết vụ án và mức án đã được lãnh đạo duyệt trước, khó quy trách niệm khi xảy ra oan, sai. Làm giảm vai trò của HĐXX trong việc ra bản án, quyết định. Một yếu tố nữa có thể có ảnh hưởng đến hoạt động của HĐXX là việc phân công Thẩm phán và Hội thẩm tham gia xét xử. Việc phân công Thẩm phán, Hội thẩm rất quan trọng, cần phải đảm bảo phân công khách quan tránh trường hợp Thẩm phán và Hội thẩm không vô tư hoặc là "một cánh" hoặc có sự lệ thuộc, ảnh hưởng với nhau dẫn đến khi xét xử không vô tư, không độc lập với nhau. Mặc dù luật có quy định về việc người tiến hành tố tụng phải từ chối tiến hành tố tụng phải từ chối tiến hành tố tụng hoặc bị thay đổi nếu có căn cứ là không vô tư nhưng quan trọng nhất là người Chánh án hoặc Phó Chánh án phải có sự phân công, tổ chức HĐXX phù hợp.