Theo quy định tại Điều 199 BLTTHS, khi ra bản án và các quyết định như: Quyết định thay đổi thành viên của HĐXX, Kiểm sát viên, Thư ký Tòa án, người giám định người phiên dịch; quyết định chuyển vụ án; quyết định yêu cầu điều tra bổ sung; quyết định tạm đình chỉ hoặc đình chỉ vụ án; quyết định về việc bắt tạm giam hoặc trả tự do bị cáo, HĐXX phải thảo luận và thông qua tại phòng nghị án. Các quyết định khác HĐXX thảo luận tại
phòng xử án không phải lập thành văn bản nhưng phải được ghi vào biên bản phiên tòa.
Điều luật này quy định trình tự, thủ tục ban hành bản án và các quyết định của HĐXX. Quy định này nhằm đảm bảo cho HĐXX khách quan, thận trọng, xem xét được hết các vấn đề cần thảo luận khi ra bản án, quyết định. Những quyết định quan trọng HĐXX phải xem xét tại phòng nghị án. Các quyết định khác ít phức tạp hơn HĐXX có thể thảo luận và quyết định trực tiếp tại phòng xử án. Tuy nhiên, liên quan đến các quyết định của điều luật này cũng còn rất nhiều vấn đề cần xem xét như: BLTTHS năm 2003 không quy định căn cứ để HĐXX ra các quyết định yêu cầu điều tra bổ sung, quyết định đình chỉ vụ án, quyết định đình chỉ vụ án và cũng không có quy định nào dẫn chiếu để HĐXX áp dụng các quy định khác. Do vậy, trong thực tiễn xét xử các HĐXX vẫn phải dựa vào quy định tại Điều 199 và các Điều 179, Điều 180 BLTTHS để làm căn cứ để ban hành quyết định yêu cầu điều tra bổ sung và quyết định đình chỉ, tạm đình chỉ vụ án vụ án. Hiện nay có nhiều ý kiến cho rằng HĐXX căn cứ vào Điều 199, Điều 179 để ra quyết định yêu cầu điều tra bổ sung và căn cứ vào Điều 199, Điều 180 để ra quyết định đình chỉ, tạm đình chỉ vụ án là không đúng vì các Điều 179, 180 chỉ là căn cứ để Thẩm phán ban hành các quyết định trong giai đoạn chuẩn bị xét xử chứ không phải là căn cứ cho HĐXX ban hành các quyết định tại phiên tòa. Mặt khác, đối với quyết định yêu cầu điều tra bổ sung và quyết định tạm đình chỉ vụ án của HĐXX tại phiên tòa khi Kiểm sát viên rút toàn bộ quyết định truy tố hiện nay vẫn còn rất nhiều ý kiến khác nhau:
- Về quyết định yêu cầu điều tra bổ sung của HĐXX: Có nhiều hai luồn ý kiến khác nhau. Ý kiến thứ nhất cho rằng quy định hiện nay là phù hợp với truyền thống tố tụng ở nước ta, có sự phối hợp giữa các cơ quan tiến hành tố tụng và người tiến hành tố tụng trong việc thực hiện nhiệm vụ bảo đảm việc xét xử được chính xác, đúng người, đúng tội. Ý kiến thứ hai lại cho rằng:
Để gắn trách nhiệm cho các cơ quan tiến hành tố tụng, không nên quy định trả hồ sơ để điều tra bổ sung vì khi hồ sơ đã chuyển sang Tòa, với chức năng xét xử nên quy định thêm thẩm quyền của Tòa án, nếu những vụ án chưa điều tra đầy đủ hoặc có vi phạm về tố tụng thì Tòa án sẽ tuyên không đủ cơ sở để kết tội [28]. Tác giả đồng ý với ý kiến thứ hai và cho rằng tại phiên tòa chứng cứ tới đâu HĐXX xử đến đấy, nếu không đủ chứng cứ kết tội bị cáo, HĐXX phải tuyên bị cáo không phạm tội như Viện kiểm sát truy tố. Nếu có vi phạm nghiêm trọng thủ tục tố tụng trong việc thu thập tài liệu, vật chứng thì tài liệu, vật chứng đó không được dùng làm chứng cứ trong việc ra bản án. Quy định như vậy mới nâng cao được trách nhiệm trong công tác của Điều tra viên, Kiểm sát viên và thể hiện vị trí HĐXX trong việc quyết định về vụ án.
- Về quyết định tạm đình chỉ vụ án của HĐXX: Một trong các căn cứ để HĐXX ra quyết định tạm đình chỉ vụ án được quy định tại khoản 2 Điều 222 BLTTHS, đó là trường hợp tại phiên tòa Kiểm sát viên rút toàn bộ quyết định truy tố mà HĐXX thấy rằng việc rút quyết định truy tố đó là không có căn cứ thì HĐXX phải ra quyết định tạm đình chỉ vụ án và kiến nghị với Viện kiểm sát cấp trên trực tiếp. Tác giả cho rằng, quy định này không phù hợp, không đảm bảo quyền xét xử của HĐXX. Quy định này không có căn cứ về mặt lý luận. Đây là một vấn đề cần xem xét, nghiên cứu khi hoàn thiện BLTTHS.
- Về thủ tục ban hành quyết định trưng cầu giám định của HĐXX cũng là một nội dung cần quan tâm, quyết định trưng cầu giám định của HĐXX là một quyết định rất phức tạp về căn cứ và thẩm quyền ra quyết định của HĐXX. Mặt khác quyết định này phải được lập thành văn bản thì cơ quan giám định mới có cơ sở để thực hiện được, nhưng theo quy định của khoản 3 Điều 199 BLTTHS, HĐXX thảo luận và thông qua quyết định này tại phòng xử án. Điều này là không hợp lý và không phù hợp với thực tiễn áp dụng pháp
luật. Đây là một hạn chế của BLTTHS cần phải được xem xét, sửa đổi bổ sung cho phù hợp.