Thẩm phán chủ tọa phiên tòa là thành viên của HĐXX, tuy nhiên khi trong giai đoạn chuẩn bị xét xử và tại phiên tòa Thẩm phán chủ tọa phiên tòa cũng có những quyền hạn, trách nhiệm riêng của mình có ảnh hưởng không nhỏ đến hoạt động của HĐXX.
Trong giai đoạn chuẩn bị xét xử Thẩm phán được phân công làm chủ tọa phiên tòa có quyền ra quyết định đưa vụ án ra xét xử. Quyết định này là căn cứ xác lập vị trí pháp lý của những người tiến hành tố tụng. Trên cơ sở đó, Thẩm phán, Hội thẩm mới có những quyền hạn, trách nhiệm mà pháp luật quy định cho các thành viên HĐXX. Quyết định này cũng xác định tư cách của những người tham gia tố tụng trong vụ án như: bị can trở thành bị cáo, mới xác lập chính thức người bị hại, nguyên đơn dân sự, bị đơn dân sự, người làm chứng…, từ đó làm căn cứ triệu tập họ đến phiên tòa. Quyết định này còn xác định tội danh, khung hình phạt bị cáo bị đưa ra xét xử. Đây chính là giới
hạn xét xử mà theo quy định tại điều 196 BLTTHS HĐXX không thể vượt qua. Do vậy vai trò của Thẩm phán chủ tọa phiên tòa đối với HĐXX khi ban hành quyết định đưa vụ án ra xét xử là rất quan trọng.
Tại phiên tòa, Thẩm phán chủ tọa phiên tòa là thành viên của HĐXX, phần lớn hoạt động của chủ tọa phiên tòa là thay mặt HĐXX thực hiện các quyền hạn, trách nhiệm của HĐXX như việc tiến hành các thủ tục bắt đầu phiên tòa, xét hỏi, công bố tài liệu, tuyên án… Chủ tọa phiên tòa thực hiện tốt các hoạt động này cũng là HĐXX thực hiện tốt quyền hạn và trách nhiệm của mình.
Tuy nhiên, ngoài các quyền hạn, trách nhiệm với tư cách thành viên HĐXX, Chủ tọa phiên tòa cũng được pháp luật giao cho một số quyền hạn, trách nhiệm pháp lý riêng của mình đó là quyền điều khiển việc xét xử tại phiên tòa, giữ gìn kỷ luật phiên tòa (Điều 185 BLTTHS) và quyền xử lý những người có các hành vi vi phạm nội quy phiên tòa (Điều 198 BLTTHS). Đây là các quyền riêng của Thẩm phán chủ tọa phiên tòa mà các thành viên khác của HĐXX không có được. Nếu chủ tọa phiên tòa thực hiện tốt nhiệm vụ, điều khiển phiên tòa trật tự, khoa học tạo điều kiện cho những người tiến hành tố tụng và những người tham gia tố tụng phát huy được vai trò của mình sẽ giúp cho HĐXX sáng tỏ vụ án để có quyết định chính xác. Ngược lại nếu Chủ tọa phiên tòa điều hành phiên tòa không tốt thì việc xét xử khó đạt kết quả cao. Qua đó, ta thấy vai trò của Thẩm phán chủ tọa phiên tòa đối với hoạt động của HĐXX là rất quan trọng, thậm chí còn quyết định chất lượng, hiệu quả hoạt động của HĐXX.