Khi chùa mới thành lập có tên gọi "Hội Long Tự" có ý mong muốn sự thịnh vượng tốt đẹp cho nhân dân quanh vùng. Từ năm 1914, lúc Hòa thượng Thích Hoàng Đạo trụ trì, chùa đổi tên là "Hội Linh Cổ Tự". Ngoài ra chùa còn có tên "Chùa Xeo Cạn", vì cạnh chùa trước đây có con rạch cạn, nay đã bị bồi lấp. Nhìn vào cổng tam quan có đại tự Hội Linh Cổ Tự cùng đôi câu đối ở hai hàng cột cổng:
- Hội thượng diên chân chùa tiếp dân thập phương quy giác lộ. - Linh sơn khai nhãn tạng đề huế tứ chúng xuất mê tân.
Ta hiểu 2 câu đối đó: Chùa Hội Linh là nơi hội tụ mọi người trong xã hội, không phân biệt giàu nghèo, sang hèn để nghe phật pháp và được hướng dẫn bằng phương tiện mà Phật dạy, dẫn dắt mọi người đi vào con đường sáng sủa, hạnh phúc.
Chùa Hội linh thuộc số nhà 314/36, tổ 5, khu vực 3, đường Cách Mạng Tháng Tám, Phường An Thới, Thành phố Cần Thơ tỉnh Cần Thơ.
Chùa được xây cất năm 1907, lúc đó còn là vùng đất ngoại vi thị xã. Từ UBND tỉnh theo đưòng Nguyễn Trãi đi tiếp theo con đường Cách Mạng Tháng Tám khoảng 4 km rồi nhìn về bên phải ta thấy một cổng lớn mang dòng chữ "Hội Linh Cổ Tự", từ cổng vào 200 mét là nơi tọa lạc của ngôi chùa.
Ngày 15/1/1907, để làm điều kiện, ông Phạm Văn Bường và bà Nguyễn Thị Tám đã sáng lập nên chùa Hội Linh.
Lúc đầu chùa xây cất bằng tre lá, sau đó nhờ bà con quyên góp nên 1914 chùa được xây cất bằng gỗ và gạch ngói.
Tính đến 1992, chùa đã có 6 vị Hòa thượng trụ trì: - 1907-1914: Hòa thượng Thích Khánh Hưng - 1914-1922: Hòa thượng Thích Hoàng Đạo - 1922-1944: Hòa thượng Thích Trí Đăng - 1944-1970: Hòa thượng Thích Pháp Thân - 1970-1972: Hòa thượng Thích Pháp Thiện - 1972- đến nay: Hòa thượng Thích Chơn Đức.
Qua 6 đời Hòa thượng trụ trì cũng là thời gian nhà chùa trở thành cơ sở khá an toàn cho cán bộ cách mạng bám trụ hoạt động. Các vị hòa thượng trụ trì ở đây là các vị chân tu, có kiến thức sâu rộng biết phân biệt rõ cái ác, cái thiện trong giáo lý và trong đời sống xã hội. Do đó, khi được giác ngộ lòng yêu nước các vị Hòa thượng sẵn sàng ủng hộ cách mạng.
Sau cuộc khởi nghĩa Nam Kỳ 23/11/1940, nhiều nơi bị địch tàn sát dã man. Cán bộ cách mạng một số bị hy sinh, tù đầy, số còn lại phải chuyển vùng hoạt động để gây dựng cơ sở. Cần Thơ là nơi tiếp nhận số cán bộ đó. Năm 1941, Nguyễn Hoàng Lương, cán bộ của Đảng bị lộ ở Bình Điền, đã cải trang làm thày chùa đến Cần Thơ, đồng chí đã chọn chùa Hội Linh là địa điểm thích hợp cho hoạt động sau này, Hòa thượng và tăng ni tận tình giúp đỡ nơi ăn chốn ở cho đồng chí. Thời gian ở đây, Nguyễn Hoàng Lương lấy danh nghĩa thầy thuốc để cứu nhân độ thế. Nhờ đức độ thầy thuốc và tinh thông giáo lý Nhà Phật nên đồng chí đã giác ngộ được phật tử uy của ông "ông thầy thuốc" ngày một loan rộng nên nhiều người đến
chữa bệnh và nghe thuyết giảng giáo lý. Nhờ vậy, đồng chí có điều kiện tuyên truyền vận động quần chúng theo cách mạng. Chùa Hội Linh đã trở thành cơ sở nuôi dấu cán bộ cách mạng, trở thành căn cứ lõm trong suốt hai thời kỳ kháng chiến.
Thời kỳ tiền khởi nghĩa và 9 năm kháng chiến chống Pháp, nhà chùa đã nuôi dấu, đùm bọc rất nhiều cán bộ lãnh đạo của Đảng, chính quyền hoạt động ở nội thành như Nguyễn Hoàng Lương, Lâm Hồng Quang, Thiếu Quang Thế, Nguyễn Kim Hạnh, Trương Văn Biên.
Trong những ngày đầu kháng chiến, Hòa thượng Thích Pháp Thân đã đề nghị thiêu hủy chùa để giặc không có chỗ lập đồn bốt, các đồng chí lãnh đạo chỉ chấp nhận đốt một phần nóc chính điện, Nhờ đó giặc không dám đóng đồn tại chùa, cơ sở ta tiếp tục hoạt động đến hội nghị Giơnevơ .
Sang thời kỳ chống Mỹ Ngụy, chùa đã nuôi dấu đồng chí Đinh Công Dụng (Ba Bài) thường vụ tỉnh ủy kiêm bí thư thị ủy (1954 -1955). Trong thời gian này, chùa là một trong những cơ sở để hội họp, nnuôi dấu cán bộ.
Chùa đã từng bị bọn Diệm khám xét, địch bắt Hoàng thượng Thích Pháp Thân, 6 tăng ni và 6 quần chúng ở xung quanh nhà chùa giam ở Phú Lợi trong 3 năm.
Chùa Hội Linh chẳng những là nơi che dấu cán bộ, cơ sở hội họp mà còn là nơi tập hợp quần chúng kết hợp với quần chúng ở nội bộ để đấu tranh trực diện với địch.
Trong những ngày của chiến dịch Hồ Chí Minh, Hội Linh là nơi tích cực chuẩn bị lực lượng quần chúng sẵn sàng phối hợp với lực lượng chủ lực nổi dậy giải phóng quê hương.
Do những công lao đóng góp suốt 2 thời kỳ kháng chiến, nhà chùa các hòa thượng cùng tăng ni đã được nhà nước tặng huân chương, huy chương, bằng khen, giấy khen.
Với những thành tích đó, chùa Hội Linh xứng đáng được công nhận là di tích lịch sử lưu niệm sự kiện cách mạng ở địa phương, trở thành nơi giáo dục truyền thống cách mạng cho thế hệ trẻ hiện nay. Bước vào địa phận chùa, thoạt đầu ta gặp phòng thuốc từ thiện và nghĩa địa ở phía trước chùa, đó là thuyết sinh, lão, bệnh, sử của nhà Phật.
Chùa được xây bằng vật hiện đại nhưng vẫn giữ được phong cách Việt Nam, các thiết bị trang trí, đề tài thể hiện vẫn theo những quy ước truyền thống: mai- lan- trúc- sen- rồng, bầu rượu, vv... Tóm lại, mảng điêu khắc ở chùa Hội Linh rất đáng kể, không những về số lượng mà cả về chất, tiêu biểu là tượng Giám Trai, tượng này có thể xếp vào lọai quý hiếm.
Các hiện vật trong chùa có chuông đồng, mõ, bộ binh khí (16 cái), 66 tượng chất liệu có loại gỗ, xi măng, thạch cao và đồng, giường sắt vạt gỗ và bộ bàn ghế gỗ cán xà cừ để đồng chí cán bộ đã từng sống và ngồi làm việc ở đây.