Ngày 01/4/1990 Hội đồng Nhà nước ban hành Phỏp lệnh thanh tra, một văn bản quy phạm phỏp luật cú giỏ trị cao nhất về mặt phỏp lý đối với tổ chức và hoạt động thanh tra thời kỳ này. Theo Phỏp lệnh Thanh tra, hệ thống tổ chức thanh tra nhà nước bao gồm: Thanh tra Nhà nước; Thanh tra bộ, Uỷ ban nhà nước, cơ quan thuộc Hội đồng Bộ trưởng (nay là Chớnh phủ); Thanh tra tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương; Thanh tra sở và Thanh tra huyện, quận, thị xó, thành phố thuộc tỉnh.
Hoạt động của cỏc tổ chức thanh tra nhà nước tập trung vào 2 lĩnh vực chớnh là: Thanh tra việc thực hiện chớnh sỏch, phỏp luật, nhiệm vụ, kế hoạch nhà nước của cỏc cơ quan nhà nước, cỏc tổ chức kinh tế, văn hoỏ, xó hội, lực lượng vũ trang nhõn dõn và cỏc cỏ nhõn cú trỏch nhiệm. Xột, giải quyết cỏc khiếu nại, tố cỏo của cụng dõn theo thẩm quyền.
trưởng (nay là Chớnh phủ) quy định: "Thủ trưởng cỏc đơn vị sản xuất kinh doanh, cơ quan hành chớnh sự nghiệp cú trỏch nhiệm tổ chức và thực hiện chếđộ
kiểm tra, thanh tra việc thực hiện nhiệm vụ, kế hoạch, chớnh sỏch, phỏp luật và xột, giải quyết khiếu nại, tố cỏo theo thẩm quyền trong phạm vi cơ quan đơn vị
mỡnh". Việc hỡnh thành cỏc tổ chức thanh tra của thủ trưởng khụng bắt buộc mọi
đơn vị phải cú mà tuỳ thuộc vào quy mụ của cơ quan, đơn vị và trỡnh độ quản lý của người thủ trưởng.
Theo đú, năm 1997 Tổng Kiểm toỏn Nhà nước quyết định thành lập Phũng Thanh tra, kiểm tra nội bộ để thực hiện nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra việc thực hiện chớnh sỏch phỏp luật và cỏc quy định của Kiểm toỏn Nhà nước trong toàn ngành.