Tuy đã đạt được những kết quả nhất định nhưng trong những năm qua, tình hình đầu tư cho giáo dục nói chung và giáo dục THPT nói riêng trên địa bàn TP Hồ Chí Minh vẫn còn tồn tại nhiều hạn chế cần phải khắc phục ngay để nâng cao hiệu quả đầu tư:
Nguồn vốn có hạn trong khi nhu cầu phát triển của giáo dục THPT là rất lớn. Trong khi đó, TP mới chỉ huy động nguồn vốn ngoài ngân sách cho những trường THPT ngoài công lập. Còn cơ bản, những trường THPT công lập đều phụ thuộc vào nguồn ngân sách nhà nước. Điều này dẫn đến tình trạng là ngành giáo dục TP dù muốn triển khai nhiều dự án có quy mô nhưng lại rất bị động về vấn đề vốn.
Trong khi đó, có một thực tế gần như trái ngược là tuy rất cần vốn cho các chương trình kiên cố hóa, hiện đại hóa trường học, xây dựng trường ở
vùng nông thôn mới nhưng khi được cấp vốn thì tiến độ giải ngân nguồn vốn đầu tư từ ngân sách nhà nước chưa đảm bảo được kế hoạch thực hiện. Bộ máy quản lý ở một số dự án còn cồng kềnh, kém linh hoạt và hiệu suất thấp. Năng lực của cán bộ còn nhiều bất cập và không có tính chuyên nghiệp, mất khá nhiều thời gian để làm quen với các quy trình, thủ tục của các nhà tài trợ, đầu tư. Quy trình thanh toán phức tạp, mất thời gian, do bộ máy quản lý hiện nay còn khá cồng kềnh, nhiều nhiệm vụ còn bị quy định chồng chéo, dẫn đến công việc thực hiện kém hiệu quả. Các quy trình để hoàn thiện thủ tục đầu tư mất nhiều thời gian, điều này làm tăng thêm nhiều chi phí quản lý dự án.
Việc lập kế hoạch đầu tư chưa được tiến hành khoa học, chặt chẽ, chưa sát với thực tế nên xảy ra nhiều lúng túng khi tiến hành. Nhiều trường hợp xin được cấp vốn nhưng khi có vốn rồi lại không biết giải ngân như thế nào cho hợp lý (nhưng lại không muốn bị thu hồi vốn) đành xây dựng một số công trình chưa cần thiết, gây nên tình trạng lãng phí. Trong khi đó, nhiều trường hợp đề xuất xây dựng những công trình lớn (như nhà đa năng, khu hiệu bộ) nhưng lại chỉ được cấp số vốn hạn chế, không khả thi trong việc triển khai công trình. Chính vì vậy, nguồn vốn được cấp sử dụng không đúng mục đích, gây ra những thất thoát, lãng phí lớn.
Việc đầu tư cho cơ sở vật chất tuy được xác định là trọng điểm và đã làm rất tốt nhưng còn tình trạng mất cân đối rất lớn giữa các trường nội thành và ngoại thành. Các trường trong nội thành hặc các trường vừa được đầu tư xây mới có cơ sở vật chất khá đầy đủ, hiện đại nhưng các trường ở khu vực ngoại thành khác thì lại mới chỉ được đầu tư sửa chữa, bảo dưỡng. Nhiều công trình đã xuống cấp, nhiều trang thiết bị cũ kĩ, lạc hậu và tình trạng thiếu các phương tiện dạy học hiện đại (như máy chiếu đa năng, các thiết bị dạy học thực hành Lý, Hóa, Sinh…) vẫn còn phổ biến. Điều này đặt ra cho các nhà quản lý trách nhiệm trước khi đầu tư phải tiến hành khảo sát thực tế, quy hoạch kĩ càng để tiến tới thu hẹp khoảng cách chênh lệch giữa các trường nội và ngoại thành, góp phần tạo cơ hội học tập như nhau cho học sinh.
Việc đầu tư cho đội ngũ cán bộ, giáo viên và đầu tư cho người học vẫn chưa thực sự đem lại hiệu quả như mong đợi. Tuy kinh phí đầu tư cho các chương trình nâng cao năng lực của cán bộ, giáo viên và học sinh rất lớn nhưng kết quả thu về lại hạn chế vì TP không kiểm soát được kết quả của các chương trình trên thực tế.. Đội ngũ nhà giáo vẫn còn một bộ phận chưa đáp ứng yêu cầu về chất lượng trong bối cảnh mới, đặc biệt là kỹ năng sư phạm, đổi mới phương pháp giảng dạy theo hướng phát huy năng lực, sở trường của học sinh. Học sinh sau khi tốt nghiệp còn hạn chế về năng lực tư duy sáng tạo, kỹ năng thực hành, khả năng thích ứng với thực tế, thiếu định hướng đúng về nghề nghiệp, thiếu kỹ năng làm việc, hợp tác theo nhóm. Tình trạng này có nhiều nguyên nhân trong đó có nguyên nhân đầu tư cho giáo dục chưa đúng trọng tâm, trọng điểm, chưa tác động tích cực tới giáo viên và học sinh.
Việc đầu tư cho đổi mới giáo dục THPT chỉ mới thu được những kết quả bề mặt chứ chưa thực sự làm chuyển biến bên trong quá trình dạy học, chưa lấy người học làm trung tâm. Việc vận dụng phương pháp, phương tiện dạy học hiện đại chưa thường xuyên, phổ biến, đặc biệt với những giáo viên có tuổi. Các môn khoa học xã hội vẫn diễn ra tình trạng đọc - chép, truyền dạy thụ động…
Như vậy, có thể thấy, bên cạnh những kết quả to lớn đã đạt được thì công tác đầu tư cho giáo dục vẫn còn bộc lộ những hạn chế nhất định mà theo chúng tôi, tồn tại lớn nhất đó chính là chưa tận dụng hết hiệu quả mà nguồn vốn đem lại. Hiệu quả đầu tư trên thực tế chưa đáp ứng được mong đợi cũng như chưa xứng với nguồn vốn đã bỏ ra. Chính vì vậy, việc tăng cường quản lý để nâng cao hơn nữa hiệu quả đầu tư cho giáo dục nói chung và giáo dục THPT trên địa bàn TP nói riêng là việc làm cần thiết, phải làm ngay vừa để tiết kiệm ngân sách vừa nâng cao hiệu quả giáo dục đào tạo.