Thực tế cho thấy, bên cạnh những tác động tích cực của chính sách hỗ trợ gián tiếp thông qua kênh ngân hàng thương mại cho các doanh nghiệp, cũng đã xuất hiện những hạn chế nhất định. Việc tính toán một cách chính xác chi phí và lợi ích từ chính sách trên là rất khó, song để có thể tăng lợi ích và giảm chi phí cho thời gian tới, thiết nghĩ một cơ chế hỗ trợ trực tiếp cũng cần được nghiên cứu.
Ví dụ, việc hỗ trợ giảm thuế Giá trị gia tăng, thuế Tiêu thụ đặc biệt 50% đối với việc mua xe ôtô đã thúc đẩy thị trường này tăng trưởng mạnh trong năm 2009, gần 20% so với năm 2008, mặc dù đây là năm suy thoái và ở các nước phát triển và khu vực thì lại chứng kiến sự sụt giảm mạnh của thị trường này. Vậy, trong thời gian tới, khi nền kinh tế đã hồi phục phần nào sau suy thoái, nhưng chưa thể phát triển một cách khoẻ mạnh thì vẫn cần thiết có một cơ chế hỗ trợ.
Chính phủ có thể xem xét hỗ trợ trực tiếp cho các doanh nghiệp như việc cắt giảm thuế Giá trị gia tăng hay thuế thu nhập doanh nghiệp. Có thể phân mức độ miễn giảm theo loại hình kinh doanh, xuất khẩu hay nhập khẩu, sử dụng nhiều lao động hay ít. Việc hỗ trợ trực tiếp sẽ rất thuận lợi cho Chính phủ trong việc tính toán chi phí hỗ trợ. Còn như hỗ trợ lãi suất thì đâu phải chỉ là 17.000 tỷ tiền lãi hỗ trợ mà còn rất nhiều chi phí khác liên quan đến: triển khai thực hiện tại các ngân hàng (đào tạo, quảng cáo, in ấn các mẫu biểu), thanh tra, kiểm tra, giám sát của NHNN và các Bộ, ngành liên quan, kể cả chi phí cơ hội của việc hoàn thành các thủ tục vay vốn, hoàn lại cho NHTM lãi suất đã hỗ trợ cho khách hàng v.v.
Theo tác giả Đỗ Thiên Anh Tuấn, (Thời Báo Kinh tế Sài gòn, 31/12/2009), phân tích kinh tế học vi mô cho thấy, khi thực hiện HTLS, đối tượng thụ hưởng hỗ trợ không chỉ là doanh nghiệp mà chính các ngân hàng cũng được hưởng lợi, ngoài ra còn có một phần là chi phí xã hội hay tổn thất xã hội. Theo tác giả Tuấn, tuỳ thuộc vào độ co dãn của cung và cầu vốn tín dụng với lãi suất mà phần thụ hưởng của ngân hàng và doanh nghiệp nhiều hay ít. Tuy nhiên, trong bối cảnh nền kinh tế thế giới và Việt Nam đang trong giai đoạn khủng hoảng, các doanh nghiệp bị ảnh hưởng nặng nề bởi thị trường tiêu thụ trong nước cũng như xuất
khẩu, cho dù lãi suất có giảm thì doanh nghiệp cũng không có nhu cầu vay vốn. Trong khảo sát của nhóm nghiên cứu ở Hà nội, TPHCM, Hải Phòng và Lạng Sơn đều cho thấy các doanh nghiệp chỉ vay vốn khi có khả năng tiêu thụ được sản phẩm đầu ra hoặc thị trường đầu ra của họ không bị ảnh hưởng bởi suy thoái, chứ không phải do lãi suất giảm mà họ vay vốn. Như vậy, độ co dãn của cầu vốn vay trong giai đoạn khủng hoảng là rất thấp, nghĩa là cho dù lãi suất có giảm mạnh thì cầu về vốn vay cũng không tăng mạnh.
Kinh nghiệm kích cầu của Trung quốc cho thấy, Chính phủ đã tung 4.000 tỷ Nhân dân tệ (công bố tháng 11/2008) kích cầu cho các lĩnh vực khác nhau, đặc biệt là cắt giảm thuế đối với doanh nghiệp nhỏ và vừa - bộ phận có vai trò rất quan trọng trong nền kinh tế nước này. Trong số 4,3 triệu doanh nghiệp nhỏ và vừa sở hữu tư nhân thì có tới 95% hoạt động xuất khẩu, đóng góp gần 60% tổng sản phẩm quốc nội, 50% nguồn thu từ thuế, 68% xuất khẩu và 75% công việc mới mỗi năm. Như vậy, việc hỗ trợ trực tiếp cho các SME đã thực sự tác động tích cực đến các doanh nghiệp này và từ đó, tác động đến toàn bộ nền kinh tế.