1. Phương phỏp ghộp nối cỏc ủầu bằng
Việc nối cỏc ủầu bằng ủược thực hiện bằng cỏch dựng ADN ligase ủể gắn cỏc phõn tử ADN cú cỏc ủầu cắt bằng nhaụ Trong việc tỏch dũng, cỏc ủầu bằng này cú thể xuất hiện như là hậu quả của việc sử dụng S1 nuclease hoặc chỳng cú thể sinh ra do lấp ủầy cỏc ủầu so le bằng cỏc tỏc dụng của ADN polymerasẹ Nhựơc ủiểm chủ yếu của việc nối cỏc ủầu bằng là hiệu suất khụng cao vỡ khụng cú sự phối hợp ủặc hiệu giữa cỏc phõn tửủể giữ cỏc chuỗi ADN lại với nhau khi ADN ligase tạo ra cỏc liờn kết phosphodiester cần thiết cho việc sản sinh ra ADN tỏi tổ hợp. Do vậy, phải dựng nồng ủộ ADN cao ủể tạo cơ hội nhiều hơn cho hai ủầu gặp nhaụ
Cỏc ủiều kiện ủể nối cỏc ủầu mỳt cần phải ủược lựa chọn thật cẩn thận. Về mặt lý thuyết, khi vector ADN trộn lẫn với gen lạ tỏch dũng thỡ sẽ cú một số kết quả khỏc nhaụ Kết quả mong ủợi là một gen lạ gắn với một phõn tử vector, do vậy tạo ra thể tỏi tổ hợp với một ủoạn xen. Tuy nhiờn, nếu nồng ủộ khụng tối ưu thỡ ủoạn xen hoặc cỏc ADN của vector cú thể tự nối lại, tạo ra cỏc phõn tử mạch vũng hoặc cỏc ADN ủoạn xen/vector cú thể tạo ra cỏc ADN chuỗi khảm thay cho cỏc thể tỏi tổ hợp gồm hai phõn tử. Trờn thực tế, vector thường ủược xử lý bằng một enzyme phosphatase (BAP hoặc CIP) ủể ngăn chặn quỏ trỡnh tự gắn kết, ủồng thời chọn nồng ủộ ADN vector và ủoạn xen tối ưu ủể tạo thuận lợi cho việc sản sinh ra cỏc thể tỏi tổ hợp.
Một nhược ủiểm quan trọng của việc nối cỏc ủầu bằng là nú cú thể khụng tạo ra cỏc ủoạn trỡnh tự nhận biết bởi enzyme giới hạn tại vị trớ tỏch dũng, do vậy nú gõy trở ngại cho việc cắt ủoạn xen khỏi thể tỏi tổ hợp. Nhưng ủú thường khụng phải là khú khăn lớn vỡ rất nhiều vector hiện nay cú hàng loạt cỏc vị trớ giới hạn tập trung tại vị trớ tỏch dũng. Do vậy ADN ủược xen vào trong quỏ trỡnh nối cỏc ủầu bằng thường cú thểủược cắt ra tại một trong những ủiểm giới hạn ủú.
2. Phương phỏp ghộp nối cỏc ủầu ủớnh
Tương tự như cỏch ghộp nối cỏc ủầu bằng, phương phỏp ghộp nối cỏc ủầu ủớnh cũng sử dụng enzyme ADN ligase ủể gắn nối cỏc ủầu so le nhaụ Đõy là phương phỏp ủược sử dụng nhiều trong kỹ thuật tỏch dũng do tớnh ủặc hiệu giữa cỏc phõn tử caọ (Do cả hai phõn tử ADN- ADN ủoạn xen và ADN vector ủều ủược cắt bởi cựng một loại enzyme giới hạn, nờn cú trỡnh tự nucleotid ở cỏc ủầu so le tương ứng với nhau)