Quá trình tái tổ hợp này liên quan đến sự hoán đổi các đoạn t−ơng đồng ngắn, trên hai đoạn xảy ra tái tổ hợp có điểm chuyên biệt gọi là điểm gắn (attachment point) chứa khoảng vài chục nucleotide tuỳ thuộc vào từng loàị Quá trình này xảy ra không cần sự có mặt của protein recA hay sợi ADN đơn.
Hình 5. 13: Cơ chế tái tổ hợp tại điểm chuyên biệt và hoạt động của intergase
Trong genome của thực thể khuẩn có gen mã hoá cho protein intergase có tác dụng nhận biết và cắt trình tự đặc biệt (trình tự điểm gắn) tạo thành các đầu nhô khoảng 7bp, sau đó đầu này tổ hợp với một yếu tố ở tế bào vi khuẩn gọi là “yếu tố hoà nhâp” (intergration host factor) có bản chất là một protein đ−ợc mã hoá trên hệ gen của vi khuẩn. Quá trình tái tổ hợp giữa các điểm này sẽ đ−ợc kích thích và ADN của thực thể khuẩn đ−ợc chèn vào hệ gen của vật chủ. Sự
nối lại các điểm đứt cũng do gen intergase đảm nhiệm. Ngoài ra giai đoạn này còn có sự tham gia của nhân tố IHF và các protein Xis của phage và rotten FIS (factor for inversion stimulation) của Ẹ coli. Thể tái tổ hợp này gọi là prophage, đ−ợc di truyền một cách ổn định cùngvới hệ gen của Ẹ coli co đến khi enzyme cắt nối excisionase (mã hoá trong ADN của thực thể khuẩn) hoạt động.
ở eukaryote, quá trình này đóngvai trò quan trọng trong sự hình thành sự đa dạng của các kháng thể, ví dụ Immunoglobin. Tái tổ hợp có thể xảy ra trong suốt quá trình biệt hoá của tế bào sản sinh ra kháng thể từ đó có thể tạo ra một khối l−ợng lớn các kháng thể đặc hiệụ