ARN pol vẫn liên kết với ADN và tiếp tục phiên mã cho đến khi nó đến trình tự kết thúc (terninator sequence). Có 2 cách kết thúc:
+ Cách kết thúc nhờ sự tạo thành cấu trúc kẹp tóc: Trình tự kết thúc cũng cần các trình
tự đặc hiệu trên ADN và phải xảy ra ở vị trí chính xác. Các trình tự ADN quanh vùng kết thúc của các gen là các trình tự lặp lại đảo ng−ợc.
Ví dụ nh− trình tự đối xứng, hay palildromic (hoặc trình tự bổ sung) đọc xuôi ng−ợc đều giống nhau theo chiều 5’ 3’. Các sợi ADN không chỉ kết hợp với nhau mà còn kết hợp ngay trong sợi, do đó ARN có nguồn gốc từ ADN cũng có thể tạo cấu trúc kẹp tóc (stem - loop) do một sợi ARN mới đ−ợc tổng hợp tạo cặp base trên chính sợi của nó. Tại ADN khuôn gần điểm kết thúc của gen, trình tự của các base trong mARN đ−ợc tạo ra nh− cấu trúc “stem-loop” do sự tạo thành các cặp G-C, một cấu trúc vững chắc vì giữa G và C có 3 liên kết hidrọ Tiếp theo cấu trúc “stem - loop” trong sản phẩm phiên mã mARN là một chuỗi U, làm giảm độ vững chắc của liên kết giữa ADN khuôn và ARN. Điều này tạo điều kiện thuận lợi cho việc tháo ARN ra khỏi khuôn ADN và kết thúc phiên mã. Cấu trúc “stem -loop” sẽ ngăn cản sự liên kết của mARN vào sợi khuôn ở điểm này, do đó nếu các base của nó có xu h−ớng liên kết với nhau hơn thì chúng không thể liên kết với sợi khuôn. ở cuối mARN mới tổng hợp, liên kết A-U là liên kết hidro yếu phức hợp có thể bị phá tạo sự kết thúc hiệu quả.
+ Cách kết thúc nhờ nhân tố rho: Trong khi ARN pol có thể tự kết thúc nhờ cấu trúc kẹp tóc thì các thành phần khác không thể tạo một cấu trúc “stem-loop” vững chắc. Chúng sử dụng một yếu tố khác, đó là protein (ρ) để giúp kết thúc phiên mã. rho là một hexameric protein có khả năng thuỷ phân ATP có mặt trong sợi đơn ARN. Protein này xuất hiện để liên kết với một đoạn 72 Nu trong ARN thông qua sự nhận dạng bởi một cấu trúc đặc biệt hơn, đó là trình tự liên ứng. Rho chuyển động dọc theo sợi ARN pol kết thúc ở nhân tố kết thúc phiên mã rhọ Nh− một nhân tố kết thúc độc lập, rho đã nhận đ−ợc tín hiệu này trong chuỗi ARN mới đ−ợc tổng hợp hơn là trong chuỗi khuôn ADN. Với đơn vị kết thúc này, ADN vẫn chứa trình tự lặp lại đảo ng−ợc nh−ng không chứa dãy adenin (bổ sung với dãy Uraxin trong ARN) có thể dãy adenin và vùng liên kết yếu giữa ADN và ARN là không cần thiết khi protein rho chịu trách
nhiệm giải phóng. Cần l−u ý là rho không kết hợp với ARN pol và 2 enzym này làm việc độc lập với nhaụ
Protein rho bị mất hoạt tính khi có mặt protein N. Đây là protein đặc hiệu ngăn cản việc dừng phản ứng tổng hợp mARN, giúp cho ARN pol v−ợt qua các vị trí dừng. Tác dụng của protein N đã đ−ợc phát hiện và nghiên cứu kỹ đối với tổng hợp mARN của các bacteriophagẹ
Hình 3.6: Sự kết thúc phiên mã phụ thuộc vào một số yếu tố: Trình tự kẹp tóc, trình tự poly A, yếu tố Rho
Sản phẩm phiên mã th−ờng dài hơn gen quy định của nó. Do sự phiên mã phần promotor ở phía 5’ nằm tr−ớc gen, tạo đoạn đầu trên ARN. Chiều dài của đoạn đầu 5’ rất khác nhau, có thể gắn với vài Nu hoặc dài tới vài trăm Nụ Còn phần kết thúc là h−ớng về phía 3’ của gen, nằm sau gen nên mARN có thêm phần cuốị