Sự hiểu biết về giai đoạn kết thúc phiên mã ở Eukaryote còn rất hạn chế. Ngoài những đặc điểm t−ơng tự ở Prokaryote nh− tạo thành cấu trúc kẹp tóc, hay dãy liên kết yếu A-U,..Giai đoạn kết thúc phiên mã cũng có nhiều điểm khác biệt: Sự phiên mã bằng ARN pol II tạo ARN có thể có đoạn sau rất dài, có thể là hàng nghìn base, trong khi đó nếu là polymerase I (dùng cho rARN) thì xấp xỉ 600 base ở phía 3’ so với vị trí kết thúc của gen. Polymerase III không sử dụng cấu trúc kẹp tóc nh−ng d−ờng nh− cần có mặt của dãy các polyadeninẹ
IIỊ các sự kiện sau phiên mã
Có rất ít phân tử ARN sau khi đ−ợc phiên mã là một sản phẩm phiên mã hoàn chỉnh. Hầu hết các phân tử ARN mới đ−ợc tổng hợp đều chịu những sự biến đổi khác nhau để trở thành phân tử ARN tr−ởng thành. Có một số dạng biến đổi sau:
- Cắt các nucleotid bởi các enzyme endonuclease và exonucleasẹ
- Thêm các nucleotid vào đầu 5’ hoặc 3’của sản phẩm sơ cấp hay phần tách ra tử chúng.
- Thay đổi các nucleotid trung tâm ở phần base hoặc các gốc đ−ờng.
ở prokaryote có rất ít hoặc không có sự chế biến mARN sau khi phiên mã. Trong thực tế, ribosome có thể tập hợp lại và bắt đầu dịch mã trên phân tử mARN. MARN bị phân huỷ nhanh chóng từ đầu 5’ và do đó, cistron đầu tiên đ−ợc dịch mã chỉ một thời gian rất ngắn. Một số cistron ở bên trong đ−ợc bảo vệ một phần bởi các cấu trúc kẹp tóc hình thành ở các đầu 5’ và 3’ và tạo ra sự cản trở tạm thời đối với exonucleasse và có thể mARN đ−ợc dịch mã nhiều hơn tr−ớc khi bị phân huỷ.
Ở eukaryote, cỏc quỏ trỡnh này xảy ra trong nhõn. Để cú cỏi nhỡn hệ thống, ởủõy ta hóy tỡm hiểu một ớt về cỏc cơ chế hoàn thiện cỏc bản sao sơ cấp mRNA (pre-mRNA) ở cỏc tế bào eukaryotẹ