Thủ tục kiểm soát được thực hiện khi hệ thống KSNB của công ty khách hàng hoạt động có hiệu lực, tương đương với việc, công ty khách hàng được đánh giá rủi ro kiểm soát ở mức thấp hoặc trung bình. Với những khách hàng có rủi ro kiểm soát ở mức cao, tức là hệ thống KSNB hoạt động không có hiệu lực thì KTV sẽ bỏ qua các thủ tục kiểm soát để thực hiện nhiều hơn các thử nghiệm cơ bản.
Nội dung của các kỹ thuật kiểm toán thường áp dụng trong bước thực hiện thủ tục kiểm soát do KTV của DFK thực hiện bao gồm: điều tra, phỏng vấn, kiểm tra từ đầu đến cuối.
Điều tra: Để tạo tính bất ngờ và thu được những bằng chứng kiểm toán có độ tin cậy cao nhất, tránh sự sắp đặt trước của khách hàng thì KTV sẽ không báo trước cho khách hàng lịch điều tra. KTV có thể thực hiện điều tra ngay từ đầu, hoặc cũng có thể điều tra sau khi đã hoàn thành các thủ tục kiểm soát khác. Trong bước kiểm tra, KTV sẽ thực hiện 2 công việc chính là quan sát thực địa và xác minh các chứng từ tài liệu trên thực tế để thấy được hệ thống KSNB trong thực tế hoạt động như thế nào. Quan sát thực địa áp dụng với những quy trình được quy định sẵn trong công ty, KTV sẽ quan sát các quy trình diễn ra theo những bước như thế nào, nói cách khác là chứng kiến trực tiếp những sự việc diễn ra trên hiện trường và ghi chép lại. Xác minh tài liệu trong bước điều tra là xem xét các chứng từ hoặc báo cáo kế toán xem đã đầy đủ các chữ ký như quy định hay chưa. Kết quả điều tra được KTV trình bày trên giấy làm việc của mình. Kết quả này sẽ không có tác dụng nếu như KTV chi sử dụng một kỹ thuật là điều tra. Do đó, KTV của DFK thường thực hiện thêm các kỹ thuật khác để so sánh giữa những quy định về KSNB và thực tế đã điều tra.
Phỏng vấn: Là kỹ thuật được KTV của DFK thường xuyên áp dụng để điều tra về hệ thống KSNB. Nếu như ở giai đoạn thực hiện kiểm toán, trưởng nhóm sẽ phỏng vấn để thu thập những thông tin sơ bộ về hệ thống KSNB của công ty khách hàng, thì đến giai đoạn thực hiện kiểm toán, các KTV chịu trách nhiệm các phần hành cụ thể sẽ trực tiếp
phỏng vấn kế toán về hệ thống KSNB liên quan trực tiếp đến phần hành của mình. Chẳng hạn, KTV phụ trách kiểm toán tiền, sẽ phỏng vấn kế toán về KSNB đối với tiền. Cũng giống như các kỹ thuật phỏng vấn khác, câu hỏi trong thủ tục kiểm soát cũng được KTV sử dụng cũng có 2 dạng: câu hỏi mở và câu hỏi lựa chọn. Trong quá trình phỏng vấn, nếu KTV nhận được những câu trả lời không phù hợp hoặc người được phỏng vấn không hiểu rõ vấn đề mà KTV đặt ra, KTV sẽ tiếp tục đặt thêm những câu hỏi để thực hiện mục đích cuối cùng là thu được những bằng chứng về cách thức tổ chức KSNB các phần hành cụ thể trong công ty khách hàng. Kết thúc phỏng vấn, kết quả phỏng vấn sẽ được lưu trong hồ sơ từng phần hành, đối với những bằng chứng quan trọng, KTV cần phải xin xác nhận của người được phỏng vấn.
Kiểm tra từ đầu đến cuối: là kỹ thuật mà KTV của DFK sẽ kết hợp giữa kỹ thuật phỏng vấn, điều tra và quan sát theo trật tự diễn biến qua từng chi tiết của nghiệp vụ cụ thể đã được ghi lại trong sổ cái. Bản chất của bước công việc này là quan sát thực tế và xác minh giấy tờ liên quan đến một nghiệp vụ cụ thể để xem nghiệp vụ này được thực hiện và kiểm soát như thế nào trong thực tế. Kỹ thuật này rất tốn công sức nên thường chỉ được KTV của DFK áp dụng với các khoản mục trọng yếu: hàng tồn kho, giá vốn, doanh thu.
Kiểm tra ngược: là biện pháp kiểm tra một nghiệp vụ từ sổ cái ngược lại đến thời điểm bắt đầu phát sinh nghiệp vụ đó. Nếu như kiểm tra từ đầu đến cuối mất rất nhiều thời gian và công sức thì kiểm tra ngược thường tốn ít thời gian và công sức hơn vì KTV chỉ cần tập trung kiểm tra những đối tượng có sự hoài nghi. Thông thường, dựa vào kinh nghiệm nghề nghiệp của mình, KTV sẽ lọc được những đối tượng hoài nghi từ sổ cái, sau đó, KTV sẽ tiến hành kiểm tra ngược các đối tượng đó để giải thích cho sự hoài nghi của mình. Kỹ thuật này thường được áp dụng với các khoản mục còn lại, mang tính chất ít trọng yếu hơn như: tiền, tài sản cố định, phải thu khách hàng,…