Toà án nhân quyền là cơ quan được thành lập nhằm thực hiện chức năng bảo vệ và thúc đẩy nhân quyền thông qua hoạt động xét xử và đưa ra ý kiến tư vấn. Hiện nay, toà án nhân quyền mới chỉ được thành lập tại các cơ chế nhân quyền khu vực.
1.4.2.1. Thẩm quyền
Tuỳ từng khu vực, thẩm quyền của toà án có những đặc thù khác nhau. Toà án nhân quyền châu Âu có quyền tài phán về tất cả các vấn đề có liên quan đến việc giải thích và áp dụng các Công ước nhân quyền châu Âu. Toà án này thừa nhận quyền khởi kiện rộng rãi của tất cả các quốc gia, tổ chức và cá nhân. Toà án nhân quyền liên Mỹ cũng có thẩm quyền tư vấn và xét xử nhưng chỉ có thẩm quyền xét xử các vụ việc do các quốc gia hoặc do Uỷ ban nhân quyền liên Mỹ chuyển đến trong thời hạn 3 tháng kể từ ngày Uỷ ban nhân quyền liên Mỹ ra báo cáo đầu tiên về vụ việc. Tương tự như vậy, Toà án nhân quyền châu Phi cũng có thẩm quyền xét xử và đưa ra ký kiến từ vấn để giải thích các điều ước nhân quyền của châu Phi. Toà cũng chỉ có thẩm quyền giải quyết các đơn kiện quốc gia và tổ chức, không có thẩm quyền đối với khiếu kiện của cá nhân (điều 3 đến điều 5 Nghị định thư bổ sung của Hiến chương nhân quyền châu Phi về việc thành lập Toà án nhân quyền châu Phi).
1.4.2.2. Cơ cấu tổ chức
Trong tất cả các cơ chế nhân quyền thành viên của Toà án đều là các thẩm phán được bầu ra theo nhiệm kỳ. Ở Toà án nhân quyền châu Âu, số lượng thẩm phán của Toà tương ứng với số lượng thành viên của Công ước.
Các thẩm phán do Nghị viện châu Âu bầu ra và hoạt động với tư cách độc lập theo nhiệm kỳ 6 năm (nhiệm kỳ này có thể được gia hạn và thẩm phán có thể làm việc đến khi 70 tuổi). Các thành viên Toà án bầu ra chánh toà và các vị trí khác, thành lập các đơn vị trực thuộc toà và thông qua quy tắc xét xử.
Ở Toà án nhân quyền liên Mỹ, Toà có 7 thẩm phán, được để cử và bầu theo nhiệm kỳ 6 năm và có thể được gia hạn bởi các nước thành viên của Công ước nhân quyền.
Toà nhân quyền châu Phi gồm có 11 thẩm phán do ĐHĐ của tổ chức liên minh châu Phi bầu ra với nhiệm kỳ 6 năm và chỉ được bầu lại một nhiệm kỳ. Các thẩm phán là công dân của các quốc gia thành viên tổ chức liên minh châu Phi nhưng không có hai thẩm phán nào là công dân của cùng một quốc gia (điều 11 đến điều 15 Nghị định thư bổ sung của Hiến chương nhân quyền châu Phi về việc thành lập Toà án nhân quyền châu Phi).
Ngoài ra để phục vụ cho công tác hành chính, các Toà đều thiết lập cho mình các ban thư ký để làm nhiệm vụ tiếp đơn kiện, các tài liệu có liên quan trong quá trình xét xử và làm đầu mối liên lạc giữa Toà án và các bên có liên quan trong các vụ việc cũng như các công việc hành chính khác.
1.4.2.3. Cơ chế hoạt động
Hoạt động của các Toà án nhân quyền được thể hiện qua hai trình tự: thủ tục tố tụng cho việc xét xử và thủ tục đưa ra ý kiến tư vấn.
- Về thủ tục tố tụng
Đối với Toà án nhân quyền châu Âu, tính hợp lệ của các đơn kiện được xem xét bởi một uỷ ban gồm 3 thẩm phán. Uỷ ban sẽ xác định thẩm quyền xét xử của toà đối với đơn kiện thông qua bỏ phiếu kín. Quyết định của Uỷ ban là chung thẩm. Để xét xử các vụ việc, Toà án chia làm bốn bộ phận theo nguyên tắc cân bằng địa lý và giới tính. Hội đồng xét xử thông thường gồm 7 thẩm phán, Hội đồng có thẩm quyền quyết định các vấn đề thuộc thẩm quyền xét
xử, nội dung các vụ kiện và đưa ra phán quyết. Hội đồng xét xử lớn gồm 17 thẩm phán có thẩm quyền xét xử đối với các vụ việc được Hội đồng xét xử thông thường chuyển lên hoặc do các bên trong vụ việc yêu cầu kháng án. Phán quyết của Hội đồng thông thường là chung thẩm nếu không bị hội đồng xét xử lớn hủy bỏ hoặc các bên vụ việc thành công trong việc kháng án lên Hội đồng xét xử lớn. Phán quyết của Hội đồng xét xử lớn có giá trị chung thẩm.
Đối với Toà nhân quyền liên Mỹ, thủ tục tố tụng được quy định đơn giản hơn và tương tự như một toà phúc thẩm. Thủ tục tố tụng của Toà bao gồm cả trao đội bị vong lục và tranh tụng. Các bên có thể yêu cầu đưa ra phiên tranh trụng của Toà được tổ chức công khai, nhưng cũng có thể xét xử kín nếu Toà thấy cần thiết. Phán quyết của Toà được công bố công khai. Nếu Toà quyết định có hành vi vi phạm nhân quyền, toà có thể yêu cầu chấm dứt vi phạm và yêu cầu bồi thường cho nạn nhân. Bồi thường được xác định cho cả các tổn thất về vật chất và tinh thần. Toà cũng có thể đưa ra các quyết định khác như yêu cầu thả người (điều 61 đến điều 69 Công ước nhân quyền châu Mỹ).
Đối với Toà nhân quyền châu Phi, thủ tục tố tụng được quy định tại Nghị định thư bổ sung cho Hiến chương nhân quyền châu Phi để thành lập Toà án nhân quyền châu Phi. Để xem xét tính hợp lệ của đơn kiện, Toà có thể yêu cầu Uỷ ban đưa ra ý kiến tham vấn. Dựa vào các quy định về thẩm quyền khởi kiện, Toà có thể quyết định thụ lý vụ việc hoặc chuyển cho Uỷ ban nhân quyền châu Phi giải quyết hoặc từ chối giải quyết vụ việc (điều 6). Toà chỉ thụ lý một vụ việc nếu như có được phiếu thuận của ít nhất 7 thẩm phán (điều 23). Tương tự như đối với thủ tục tố tụng của Toà án nhân quyền liên Mỹ, sau khi xác định thẩm quyền xét xử, Toà sẽ nỗ lực dàn xếp một giải pháp thân thiện (điều 9). Nếu thất bại trong việc đạt được một giải pháp thân thiện, Toà sẽ điều tra giải quyết vụ việc. Để tiến hành điều tra và thu thập bằng chứng,
Toà có thể yêu cầu các bên nộp bị vong lục và tổ chức các phiên điều trần. Nếu Toà xác định có hành vi vi phạm nhân quyền, trong vòng 90 ngày, Toà sẽ ra các phán quyết yêu cầu chấm dứt hành vi vi phạm bao gồm cả việc bồi thường cho nạn nhân. Đồng thời, trong quá trình xét xử, nếu có vi phạm nghiêm trọng và khẩn cấp, Toà có thể ra những biện pháp khẩn cấp tạm thời để bảo vệ cho các nạn nhân (điều 26-28).
- Về thủ tục đưa ra ý kiến tư vấn
Đây là thủ tục của các Toà án khi có yêu cầu của các cơ quan khác của tổ chức khu vực và của các quốc gia thành viên.
Đối với Toà nhân quyền châu Âu, Hội đồng xét xử lớn có thẩm quyền đưa ra ý kiến tư vấn theo yêu cầu của Hội đồng bộ trưởng. Ý kiến tư vấn của Toà không chỉ giới hạn ở việc giải thích về nội dung các quyền được quy định trong Công ước nhân quyền châu Âu và các Nghị định bổ sung mà còn mở rộng đến những vấn đề về thủ tục (điều 47 đến điều 49 Công ước nhân quyền châu Âu, đã được sửa đổi theo Nghị định thư bổ sung số 11).
Đối với Toà nhân quyền liên Mỹ, Toà cũng có thẩm quyền đưa ra ý kiến tư vấn để giải thích các điều ước nhân quyền châu Mỹ khi có yêu cầu từ các quốc gia thành viên và các cơ quan của Tổ chứ liên Mỹ (điều 62 khoản 3 và điều 64 khoản 1 Công ước nhân quyền châu Mỹ). Đồng thời, Toà cũng có thẩm quyền đưa ra ý kiến tư vấn về sự tương thích giữa pháp luật của các quốc gia châu Mỹ đối với các điều ước nhân quyền của khu vực này khi được các quốc gia yêu cầu (điều 64 khoản 2).
Đối với Toà nhân quyền châu Phi, các quốc gia thành viên tổ chức liên minh châu Phi, tổ chức liên minh châu Phi, các cơ quan trực thuộc của tổ chức này hoặc bất kỳ tổ chức châu Phi nào được liên minh châu Phi thừa nhận có thể yêu cầu Toà án nhân quyền châu Phi đưa ra ý kiến tư vấn về các vấn đề pháp lý liên quan đến Hiến chương nhân quyền châu Phi hoặc các điều ước có
liên quan khác hoặc chính phán quyết của Toà, với điều kiện các vấn đề đưa ra ý kiến tư vấn không liên quan đến các vấn đề đang được Uỷ ban nhân quyền xem xét (điều 4 Nghị định thư bổ sung về thành lập Toà án nhân quyền châu Phi). Toà án quyết định việc thông qua ý kiến tư vấn bằng biểu quyết theo đa số đồng thời đưa ra lập luận về ý kiến tư vấn và các thẩm phán có thẩm quyền bảo lưu ý kiến riêng của mình nếu ý kiến đó khác với ý kiến tư vấn chung.