Mặc dù Quy chế tổ chức và hoạt động của Uỷ ban liên chính phủ ASEAN về quyền con người đã được thông qua và được coi là sự đồng thuận cao nhất về vấn đề nhân quyền mà các quốc gia ASEAN đạt được tại thời điểm này, tuy nhiên đây mới chỉ là bước khởi đầu cho một quá trình phát triển và hoàn thiện của cơ quan này nhằm thúc đẩy và bảo vệ một cách tốt nhất quyền con người cũng như quyền và tự do cơ bản của người dân ASEAN. Về cơ bản TOR đã quy định được mục đích, chức năng nhiệm vụ cũng như cơ cấu tổ chức của AICHR. Tuy nhiên, đây mới chỉ là sự quy định mang tính định hướng. Thực tế hoạt động của cơ quan này dường như còn đang “mơ hồ”. Liệu AICHR sẽ hoạt động trong thực tế như thế nào? Các quy định về một CQNQ như TOR có phải là thành lập ra một cơ quan “hữu danh vô thực”, hoạt động phụ thuộc vào ý chí chính trị của các quốc gia thành viên? Điều này rất dễ xảy ra nếu cơ quan này không được các quốc gia ASEAN coi trọng. Và liệu với cơ cấu tổ chức này, AICHR có khả năng đảm trách chức năng của mình hay không?
thế nào để cơ quan này có hoạt động trong thực tế thực sự bảo vệ được quyền còn người và phải bắt kịp với những chuẩn mực về nhân quyền đã được thừa nhận rộng rãi trên thế giới. Nếu không làm tốt việc này cơ quan này có thể chỉ có mỗi việc “ngồi” ca tụng rằng nhân quyền là một điều tốt đẹp mà thôi.
Thách thức thứ hai: các nguyên tắc nền tảng của ASEAN như không can thiệp vào công việc nội bộ của các quốc gia thành viên, tôn trọng chủ quyền quốc gia hay quyết định dựa trên nguyên tắc đồng thuận sẽ là những yếu tố ảnh hưởng rất lớn tới việc triển khai các hoạt động của AICHR. Mặc dù hiện nay chức năng của AICHR mới chỉ là thúc đẩy, nâng cao nhận thức, tư vấn hỗ trợ kỹ thuật hay là nghiên cứu những vấn đề liên quan đến con người nó chưa có giá trị pháp lý ràng buộc hay cưỡng chế. Tuy nhiên, có thể vì một lý do nào đó nhảy cảm quốc gia thành viên cũng có thể đưa ra các nguyên tắc trên như là một rào cản cho hoạt động của CQNQ như việc cấm cơ quan này tiến hành thu thập thông tin liên quan đến vấn đề quyền con người.
Thách thức thứ ba: các nước ASEAN luôn nhấn mạnh nguyên tắc “Tôn trọng sự khác biệt về văn hoá, ngồn ngữ và tôn giáo của người dân ASEAN, đồng thời nhấn mạnh những giá trị chung trên tinh thần thống nhất trong da dạng”. Việc này sẽ ảnh hưởng tới việc cách tiếp cận cũng như việc giải thích về các quyền con người khác nhau giữa các quốc gia thành viên. Do đó, sẽ có sự khác biệt trong cách hiểu thế nào là vi phạm quyền con người. Đây là vấn đề vẫn diễn ra trong các nước ASEAN hiện nay.
Thách thức thứ tư: mặc dù CQNQ đã được thành lập nhưng cho tới nay khu vực chưa có một văn kiện pháp lý nào được thông qua đề cập một cách đầy đủ các quyền con người, mặc dù các nước thành viên ASEAN đã tham gia khá đầy đủ các điều ước nhân quyền quốc tế34. Do vậy, AICHR sẽ dựa vào cơ sở pháp lý nào để thúc đẩy và bảo về quyền con người cũng như các
quốc gia ASEAN cũng không có căn cứ để có trách nhiệm hay nghĩa vụ đối