Mục 2.1 TOR quy định AICHR hoạt động dựa trên các nguyên tắc đã được nêu ra trong điểu khoản 2 Hiến chương ASEAN bao gồm:
- Tôn trọng độc lập chủ quyền, bình đẳng, toàn vẹn lãnh thổ và bản sắc dân tộc của tất cả các quốc gia thành viên;
- Không can thiệp vào công việc nội bộ của nhau;
- Tôn trọng quyền của các quốc gia thành viên được quyết định vận mệnh của mình mà không có sự can thiệp, lật đổ và áp đặt từ bên ngoài;
- Tuân thủ pháp quyền, quản trị tốt, các nguyên tắc về nền dân chủ và chính phủ hợp hiến;
- Tôn trọng các quyền tự do cơ bản, thúc đẩy và bảo vệ quyền con người, công bằng và xã hội;
- Đề cao hiến chương LHQ và luật pháp quốc tế, bao gồm cả luật nhân đạo quốc tế mà các quốc gia thành viên đã tham gia;
- Tôn trọng sự khác biệt về văn hoá, ngôn ngữ và tôn giáo của người dân ASEAN đồng thời nhấn mạnh những giá trị chung trên tinh thần thống nhất trong đa dạng.
Ngoài ra, TOR còn đưa ra các nguyên tắc hoạt động khác như: Tôn trọng các nguyên tắc quốc tế về quyền con người, bao gồm tính toàn cầu, không tách rời, sự phụ thuộc và quan hệ tương hỗ lẫn nhau, cũng như đối xử công bằng, khách quan, không phân biệt, không được lựa chọn, tránh chính trị hoá và áp dụng tiêu chuẩn không đồng đều; thúc đẩy và bảo vệ quyền con người và các quyền tự do cơ bản là nghĩa vụ quan trọng nhất của mỗi quốc gia thành viên; tiếp cận mang tính xây dựng và không đối đầu và hợp tác nhằm nâng cao việc thúc đẩy và bảo vệ quyền con người; chấp nhận phương pháp tiếp cận tiên tiến góp phần phát triển các quy tắc về quyền con người theo các chuẩn mực của ASEAN.