Theo quy định của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của luật Hải quan năm 2005 và luật SHTT, cơ quan Hải quan có quyền thực hiện các biện pháp kiểm soát hàng hóa xuất nhập khẩu liên quan đến bảo hộ quyền SHTT như: tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hóa bị nghi ngờ xâm phạm quyền SHTT; kiểm tra, giám sát để phát hiện hàng hóa có dấu hiệu xâm phạm quyền SHTT; chủ sở hữu có quyền đề nghị dài hạn hoặc trong từng trường hợp cụ thể để cơ quan Hải quan tạm dừng làm thủ tục đối với hàng hóa nghi ngờ vi phạm quyền SHTT.
Theo quy định của luật Hải quan và luật SHTT (Điều 216 và Điều 217), cơ quan Hải quan có thẩm quyền áp dụng các biện pháp tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hoá bị nghi ngờ xâm phạm quyền SHTT và kiểm tra, giám sát để phát hiện hàng hoá có dấu hiệu xâm phạm quyền SHTT. Theo đó, chủ thể quyền SHTT đã được bảo hộ theo quy định của pháp luật Việt Nam có quyền đề nghị cơ quan Hải quan tạm dừng làm thủ tục hải quan đối với hàng hoá nhập khẩu, xuất khẩu khi có căn căn cứ cho rằng, hàng hoá đó xâm phạm quyền SHTT nhằm thu thập thông tin, chứng cứ về lô hàng để chủ thể quyền SHTT thực hiện quyền yêu cầu xử lý hành vi xâm phạm quyền và yêu cầu áp dụng các biện pháp khẩn cấp tạm thời hoặc các biện pháp ngăn chặn và bảo đảm xử phạt hành chính.
Như vậy, hiện nay cơ quan Hải quan không chỉ tạm dừng làm thủ tục hải quan khi có đơn đề nghị của chủ sở hữu quyền SHTT đối với từng trường hợp cụ
thể như quy định tại luật Hải quan năm 2001, mà chủ sở hữu quyền SHTT còn có quyền đề nghị kiểm tra, giám sát dài hạn để cơ quan hải quan trong quá trình kiểm tra giám sát hàng hóa XNK, có quyền tạm dừng làm thủ tục nếu phát hiện có dấu hiệu nghi ngờ xâm phạm quyền SHTT.
Tuy nhiên, trên thực tế hoạt động, cơ quan Hải quan còn có trách nhiệm bảo hộ quyền SHTT ngay cả trong trường hợp tự mình phát hiện có vi phạm quyền SHTT.
Theo đánh giá của Tổng cục Hải quan, cơ sở pháp lý và quy định trình tự, thủ tục về bảo hộ quyền SHTT tại biên giới đã tương đối hoàn chỉnh, phù hợp với các chuẩn mực quốc tế. Ngành Hải quan đã xây dựng hệ thống tổ chức theo chiều dọc, có công chức kiêm nhiệm về công tác SHTT từ Tổng cục tới các Chi cục Hải quan cửa khẩu nhằm nâng cao hiệu quả thực thi quyền SHTT. Ngành Hải quan cũng rất chú trọng tới hoạt động bồi dưỡng, đào tạo cán bộ ngành. Trong các khóa đào tạo cán bộ ngành hải quan chương trình về SHTT đã được đưa vào giảng dạy bắt buộc; nhiều lớp tập huấn về SHTT cho công chức hải quan tại các địa phương cũng được thường xuyên tổ chức.
Sự phối hợp với các bộ, ngành và doanh nghiệp trong thực thi bảo hộ quyền SHTT có vai trò quan trọng. Liên bộ Văn hóa - Thông tin, Khoa học - Công nghệ, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Tài chính, Thương mại, Công an đã thống nhất ban hành Kế hoạch hành động về bảo vệ quyền SHTT giai đọan 2006-2010. Ngành Hải quan đã phối hợp với các tổ chức quốc tế (như cơ quan phát minh sáng chế EU, Hải quan Nhật Bản...); các tổ chức, công ty, đại diện về SHTT (như Invenco, Phạm và Liên danh, Invenstip...) để tổ chức các lớp tập huấn cho công chức hải quan tại cửa khẩu nhận biết đặc điểm hàng giả nhãn hiệu, hàng giả chỉ dẫn địa lý, hàng xâm phạm quyền SHTT... Bên cạnh đó, cơ quan Hải quan đã ký các biên bản ghi nhớ, biên bản thỏa thuận với một số doanh nghiệp (như Công ty Unilever) về bảo vệ quyền SHTT cho các sản phẩm của doanh nghiệp. Với các biện pháp tích cực trên, Hải quan Việt Nam đã chủ động phát hiện được một số vụ xâm phạm quyền SHTT... Ngoài ra, các Chi cục Hải quan cửa khẩu
thông qua công tác kiểm tra kiểm soát hàng hóa xuất nhập khẩu đã chủ động phát hiện nhiều vụ xâm phạm về chỉ dẫn địa lý, kiểu dáng công nghiệp và nhiều băng đĩa nhạc nhập lậu [3, 42].
Đối mặt với thực tế hàng hóa xâm phạm quyền SHTT được chuyển qua biên giới ngày càng tăng với thủ đoạn ngày càng tinh vi, phức tạp; việc chịu áp lực phải đẩy mạnh cải cách thủ tục, đơn giản hóa thủ tục thông quan vừa đảm bảo vừa quản lý hiệu quả vừa tạo thuận lợi cho thương mại hợp pháp cũng là thách thức lớn đối với hải quan trong thực thi bảo vệ quyền SHTT.
Bên cạnh những cải thiện đáng kể về mặt luật pháp và việc đưa vào sử dụng các thiết bị kiểm tra hàng hóa hiện đại đã giúp lực lượng hải quan làm tốt chức năng, nhiệm vụ của mình. Tuy nhiên, hoạt động thực thi quyền SHTT thông qua kiểm soát biên giới của hải quan trong thời gian qua vẫn tồn tại những hạn chế nhất định do các nguyên nhân: Về mặt chủ quan nhận thức về tầm quan trọng của bảo hộ quyền SHTT của một bộ phận không nhỏ cán bộ, công chức ngành hải quan còn thấp; kĩ năng phân biệt hàng hóa vi phạm quyền SHTT còn hạn chế. Cơ sở vật chất – kĩ thuật phục vụ công tác kiểm tra, giám sát của ngành chưa được đầu tư đúng mức. Mặt khách quan, chủ sở hữu hàng hóa chưa chủ động phối hợp với cơ quan hải quan trong cung cấp thông tin nhằm ngăn chặn kịp thời hàng hóa có dấu hiệu xâm phạm quyền SHTT. Ngoài ra việc thiếu một cơ chế phối hợp giữa lực lượng hải quan với các cơ quan hữu quan; thiếu sự hợp tác, trao đổi thông tin, chia sẻ kinh nghiệm giữa hải quan Việt Nam và các tổ chức quốc tế liên quan; một số quy định của luật nội dung chưa phù hợp với thực tế cũng là những nguyên nhân làm giảm hiệu lực thực thi quyền SHTT của lực lượng Hải quan.