Pháp luật Việt Nam quy định các cơ chế giải quyết tranh chấp về quyền SHTT khá phong phú, phù hợp với thực tiễn quốc tế từ cơ chế giải quyết tranh chấp ngoài con đường tài phán (thương lượng, hòa giải…) đến cơ chế tài phán ( theo thủ tục tố tụng tại TAND, trọng tài…).
Giải quyết tranh chấp về đăng ký, xác lập quyền SHTT: Cục SHTT (Bộ Khoa học và Công nghệ), Cục Bản quyền tác giả (Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch), Văn phòng bảo hộ giống cây trồng mới (Bộ Nông nghiệp và phát triển nông
thôn) là cơ quan nhà nước có trách nhiệm cấp văn bằng độc quyền đối với các đối tượng là quyền SHCN, bản quyền đối với quyền tác giả, quyền đối với giống cây trồng. Trình tự, thủ tục để đương sự đăng ký được pháp luật quy định cụ thể trong luật SHTT và văn bản hướng dẫn liên quan. Khi không đồng ý với quyết định cấp hay không cấp văn bằng độc quyền đối với quyền SHCN, bản quyền tác giả, quyền đối với giống cây trồng mới thì người đăng ký có thể khiếu nại lên người đã ra quyết định đó. Trong trường hợp vẫn không đồng ý với quyết định giải quyết khiếu nại lần đầu thì người khiếu nại hoặc có thể khiếu nại lên cấp trên trực tiếp của người giải quyết khiếu nại lần đầu hoặc khởi kiện ra tòa án hành chính có thẩm quyền. Trình tự, thủ tục tuân theo quy định của pháp luật hành chính, luật tố tụng hành chính và văn bản hướng dẫn có liên quan.
Trong giải quyết tranh chấp bằng biện pháp dân sự theo quy định thì đương đơn có thể yêu cầu TAND (tòa dân sự) cấp huyện và cấp tỉnh có thẩm quyền xét xử các tranh chấp hoặc hành vi xâm phạm liên quan đến quyền SHCN. TAND có thể xét xử các vụ việc liên quan đến khiếu kiện lạm dụng quyền SHCN, tranh chấp liên quan đến giá chuyển giao hoặc thù lao, khiếu kiện về quyền nộp đơn về tư cách tác giả, tranh chấp liên quan đến hợp đồng chuyển giao quyền sở hữu hoặc hợp đồng chuyển giao quyền sử dụng đối với đối tượng SHCN. Nguyên đơn hoặc người đại diện hợp pháp phải cung cấp chứng cứ chứng minh về quyền SHCN và hành vi xâm phạm quyền. Bị đơn có quyền bác bỏ chứng cứ, lập luận của nguyên đơn trước tòa. Theo yêu cầu của bất kì bên nào hoặc tòa án tự mình thu thập chứng cứ nếu cần thiết.
Tòa án có thể buộc chấm dứt hành vi xâm phạm, thừa nhận các quyền hợp pháp đối với các đối tượng SHCN, yêu cầu cơ quan nhà nước có thẩm quyền tiến hành các thủ tục xác lập quyền và buộc bồi thường thiệt hại.
Tòa án có quyền áp dụng các biện pháp tạm thời bao gồm: thu giữ, kê biên, niêm phong hàng hóa bị nghi ngờ xâm phạm, nguyên vật liệu hoặc phương tiện để sản
xất hoặc buôn bán hàng hóa đó; cấm thay đổi, dịch chuyển hàng hóa; cấm chuyển giao quyền sở hữu đối với các hàng hóa và nguyên vật liệu.
Biện pháp hình sự: chủ sở hữu quyền hoặc người đại diện hợp pháp có quyền đề nghị các cơ quan nhà nước có thẩm quyền ra quyết định khởi tố vụ án hình sự. Trong trường hợp vụ án được khởi tố, chủ sở hữu quyền SHTT có thể tham gia với tư cách người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan. Thông qua thủ tục này, chủ sở hữu quyền SHTT hướng tới hai mục tiêu là ngăn chặn hành vi xâm phạm và yêu cầu bồi thường thiệt hại do hành vi xâm phạm gây ra.
Bộ luật TTHS, BLHS năm 1999 (sửa đổi 2009) quy định cụ thể về thẩm quyền, trình tự, thủ tục xét xử hình sự của TAND các cấp.
1.3.2. Cơ chế giải quyết tranh chấp về SHTT theo pháp luật In-đô-nê-xi-a, Ma-lai-xi-a, Xin-ga-po và Thái Lan