Hoạt động của cơ quan tư pháp trong bảo đảm thực thi quyền SHTT ở Việt Nam thuộc nhiều cơ quan khác nhau. Ở đây chỉ xem xét hoạt động của cơ quan tòa án trong thụ lý, xét xử các vụ, việc liên quan đến tài sản trí tuệ theo các thủ tục hình sự, dân sự và hành chính mà cơ bản nhất vẫn là xét xử theo thủ tục dân sự. Vì giải quyết tranh chấp về quyền SHTT tại tòa án là cơ chế bảo vệ quyền SHTT hữu hiệu nhất trên thế giới hiện nay bởi tính dân chủ, khả năng duy trì và bảo đảm công bằng của các thiết chế của thủ tục dân sự so với các thủ tục khác [36, 13].
Phù hợp với các yêu cầu của TRIPs (mục 2) pháp luật tố tụng Việt Nam đã có các quy định về thẩm quyền giải quyết các tranh chấp về SHTT tại TAND. Theo quy định của Bộ luật TTDS 2004 và Bộ luật TTHS, TAND có thẩm quyền giải quyết các tranh chấp về SHTT và xét xử các vụ xâm phạm quyền SHTT.
Từ năm 2000 đến 2005, toàn ngành tòa án đã thụ lý 93 vụ tranh chấp về SHTT: đã giải quyết 61 vụ (16 vụ đình chỉ, tạm đình chỉ hoặc rút đơn kiện; 12 vụ hòa giải thành; đưa ra xét xử 33 vụ). Từ năm 2006 đến năm 2009, toàn ngành đã thụ lý 108 vụ tranh chấp quyền SHTT; trong đó: đã giải quyết 57 vụ (chuyển hồ sơ 4 vụ, đình chỉ 16 vụ; công nhận sự thỏa thuận 11, đã xét xử 25). Như vậy, số liệu giai đoạn 2006 đến 2009 cho thấy mặc dù luật SHTT đã được ban hành và có hiệu lực nhưng tình hình giải quyết các tranh chấp của TAND các cấp không có nhiều chuyển biến.
Nguyên nhân: Thứ nhất, người dân còn mang nặng tâm lý ngại ra tòa. Đa số người dân còn cho rằng vạn bất đắc dĩ mới phải nhờ đến tòa án vì khi đã chọn con đường tòa án chỉ mang đến sự phiền hà, tốn kém và mất uy tín của cá nhân. Thứ hai, một số đối tượng quyền SHTT thuộc lĩnh vực nhạy cảm liên quan đến bí mật kinh doanh, hiệu quả kinh tế của doanh nghiệp cũng là một cản trở chủ sở hữu quyền tìm đến tòa án. Thứ ba, các vụ việc liên quan đến SHTT rất phức tạp và nhiều trường hợp phải kéo dài thời gian thụ lý, giải quyết. Bên
cạnh đó các bản án, quyết định của tòa án trong lĩnh vực này thường bị kháng cáo do các đương sự không đồng ý với quyết định của tòa. Thứ tư, việc thiếu các thẩm phán có đủ năng lực và trình độ chuyên sâu về SHTT đã làm cản trở hoạt động xét xử của tòa án khi số lượng vụ, việc được giải quyết còn rất khiêm tốn. Thứ năm, tình trạng hành chính hóa các quan hệ dân sự. Việc xử phạt hành chính các trường hợp xâm phạm quyền SHTT một cách quá mức rõ ràng là không bảo vệ được quyền và lợi ích của chủ sở hữu quyền SHTT, vô hình chung gián tiếp tạo điều kiện cho hành vi vi phạm tiếp tục tái diễn với phạm vi quy mô lớn hơn [36, 47].