Để đảm bảo quyền tự chủ, đồng thời gắn với trách nhiệm của Thủ trưởng đơn vị trong quản lý, sử dụng kinh phí và thực hiện nhiệm vụ chuyên môn, Bộ Tài chính sớm nghiên cứu giao thêm quyền tự chủ cho đơn vị thực hiện tự chủ.
- Về việc xây dựng quy chế chi tiêu nội bộ và thực hiện các nội dung chi: Ngoài các nội dung chi bắt buộc phải thực hiện theo chế độ quy định của Nhà nước như tiền lương, phụ cấp lương, các khoản đóng góp theo lương, các khoản chi khác như chi các đoàn đi công tác nước ngoài; trang bị và sử dụng điện thoại cố định tại nhà riêng và điện thoại di động… Thủ trưởng đơn vị được phép quy định các mức chi cao hơn hoặc thấp hơn chế độ Nhà nước quy định. Đối với các nội dung chi chưa có quy định của Nhà nước, Thủ trưởng đơn vị được phép quy định mức chi phù hợp đảm bảo
hoàn thành nhiệm vụ chuyên môn và trên cơ sở kinh phí tự chủ được giao. Bên cạnh đó, để giảm khối lượng công việc, giảm thủ tục hành chính không cần thiết, có thể xây dựng phương án khoán và thực hiện khoán đối với các nội dung chi thường xuyên của đơn vị, kể cả khoán quỹ tiền lương cho từng bộ phận trong trường.
- Đối với kinh phí tiết kiệm được: Thủ trưởng đơn vị được quyết định các nội dung chi, trong đó không hạn chế mức chi bổ sung thu nhập cho cán bộ nhân viên. Đối với kinh phí tiết kiệm chưa sử dụng hết, được trích toàn bộ vào Quỹ khen thưởng, Quỹ phúc lợi của đơn vị hay chăng thì cũng là phần lớn để đảm bảo được tính tự chủ trong công tác tài chính nhằm mục đích cải thiện đời sống của cán bộ công nhân viên.
Để giúp các đơn vị làm công việc này một cách thực chất, tránh tình trạng hình thức, đối phó, nhằm đảm bảo quy chế chi tiêu nội bộ thực sự là một văn bản quan trọng nhất trong đơn vị, giúp cho việc kiểm soát, giám sát các hoạt động của mọi thành viên trong trường. Các cơ quan quản lý cấp trên cần phối hợp chỉ đạo, cụ thể hóa các tài liệu hướng dẫn, mở lớp tập huấn và cử cán bộ giám sát quá trình triển khai các đơn vị. Cơ quan tài chính và cơ quan chủ quản cần kiểm tra thường xuyên hơn quá trình xây dựng, ban hành và thực hiện quy chế chi tiêu nội bộ ở các đơn vị, qua đó giúp hoàn thiện quy chế chi tiêu nội bộ ở các đơn vị, qua đó giúp hoàn thiện quy chế chi tiêu nội bộ.
- Tăng cường công tác giám sát tình hình thực hiện cơ chế tự chủ tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp công lập, đảm bảo việc thực hiện đúng quy định của pháp luật; thông qua công tác giám sát, yêu cầu các đơn vị kịp thời điều chỉnh bổ sung các quy định cho phù hợp với tình hình thực tiễn và định hướng phát triển kinh tế - xã hội của đất nước.
- Bộ Tài chính trong phạm vi chức năng nhiệm vụ của mình thực hiện việc rà soát, nghiên cứu, đề xuất sửa đổi kịp thời các chế độ, định mức chi tiêu hành chính, các quy định về quản lý, sử dụng kinh phí thực hiện cơ chế tự chủ tài chính.