Qua đánh giá, tổng kết thực hiện cơ chế tự chủ tài chính của các Bộ, ngành, đơn vị cho thấy một trong những nguyên nhân dẫn tới việc thực hiện cơ chế tự chủ tài chính chưa triệt để và hiệu quả đó là những tồn tại về cơ chế, chính sách. Các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn chậm, chồng chéo, chưa đồng bộ, chưa phù hợp với tình hình thực tiễn gây khó khăn cho quá trình
triển khai. Các quy định về tiêu chuẩn, định mức kinh tế kỹ thuật chậm được sửa đổi, không phù hợp với điều kiện thực tế, gây khó khăn cho việc thực hiện cơ chế tự chủ đối với đơn vị sự nghiệp. Vì vậy, Nhà nước sớm tổ chức tổng kết đánh giá kết quả của Nghị đinh 43/CP để có hướng sửa đổi cho phù hợp với thực tế như tạo điều kiện cho các trường có cơ hội phát triển trong điều kiện nguồn ngân sách nhà nước cấp cho đầu tư còn hạn chế, phần kinh phí này cho phép các trường dùng mua sắm trang thiết bị giảng dạy, thực hành, thực tập… Và trong thời gian tới các Bộ, ngành có liên quan cần tiếp tục hoàn thiện các văn bản, chính sách đặc biệt là các văn bản, chính sách về tài chính.
+ Việc hoàn thiện cơ chế, chính sách phải tiến hành từ khâu rà soát, đánh giá các cơ chế, chính sách, chế độ đã thực hiện trong thời gian qua, xem xét nhu cầu hiện tại và tính đến đòi hỏi trong tương lai. Cơ chế, chính sách mới phải theo hướng đồng bộ, tránh chồng chéo và không minh bạch, không tạo kẽ hở và đặc biệt là không gây cản trở cho quá trình thực hiện.
+ Cần có các giải pháp chỉ đạo kiên quyết các bộ, ngành, địa phương thực hiện cơ chế tự chủ tài chính đối với các đơn vị sự nghiệp có thu. Khuyến khích các đơn vị sự nghiệp có thu lớn chuyển đổi sang loại hình đơn vị tự đảm bảo toàn bộ kinh phí hoạt động.
+ Nhà nước cần có chiến lược lâu dài và định hướng cụ thể tập trung đầu tư bằng nguồn vốn đầu tư của ngân sách nhà nước để hiện đại hóa cơ sở vật chất của các trường, vì để giải quyết vấn đề này đòi hỏi vốn đầu tư lớn mà các trường với khả năng tài chính hạn hẹp không giải quyết được.
+ Hoàn thiện chế độ đãi ngộ với đội ngũ cán bộ giáo viên và cán bộ quản lý giáo dục các trường công lập, khắc phục tính vụn vặt trong các quy định về chế độ tiền lương và thu nhập đối với giáo viên. Chế độ đãi ngộ phải sao cho đảm bảo thu hút được người có tâm và có tài theo nghề giáo.
+ Có chính sách đào tạo, bồi dưỡng giáo viên phù hợp, đảm bảo đáp ứng tốt nhất nhu cầu học tập, tự bồi dưỡng nâng cao trình độ chuyên môn và nghiệp vụ sư phạm của giáo viên. Chính sách này cần chú ý vừa đảm bảo tính hiện thực tiễn, hiệu quả của quá trình đào tạo, vừa có cơ chế khuyến khích
giáo viên tích cực học tập, tự bồi dưỡng.
- Quản lý nhà nước chỉ nên tập trung vào việc xây dựng và chỉ đạo thực hiện chiến lược phát triển; chỉ đạo triển khai hệ thống bảo đảm chất lượng và kiểm định giáo dục; tăng cường kiểm tra công tác thi cử, công tác nghiên cứu; đổi mới phương pháp đào tạo, đổi mới nội dung chương trình.
- Chính phủ cần chỉ đạo các Bộ, ngành nghiên cứu ban hành các văn bản hướng dẫn thực hiện chế độ tự chủ về bộ máy, biên chế để đảm bảo sự đồng bộ về cơ chế theo Nghị định 43/2006/NĐ-CP đối với các đơn vị sự nghiệp công lập.
Cùng với việc quy định tự chủ về tài chính, Nghị định 43/2006/NĐ-CP của Chính phủ cũng quy định quyền tự chủ, tự chịu trách nhiệm về thực hiện nhiệm vụ, tổ chức bộ máy, biên chế đối với đơn vị sự nghiệp công lập. Tuy nhiên văn bản hướng dẫn thực hiện chưa được ban hành nên việc thực hiện ở cơ sở còn nhiều lúng túng (tự chủ về tổ chức bộ máy, tự chủ biên chế, phân cấp quản lý biên chế, quản lý cán bộ…). Có quyền tự chủ về tổ chức bộ máy, biên chế, đơn vị sẽ tổ chức bộ máy và nhân sự phù hợp với chức năng, nhiệm vụ được giao, xác định rõ chức năng, nhiệm vụ của các phòng ban, bộ phận trực thuộc; bố trí hợp lý lao động, trên cơ sở đó xác định số biên chế hợp lý, tinh giản những lao động dư thừa hoặc làm việc không có hiệu quả. Từ đó góp phần nâng cao hiệu quả hoạt động của đơn vị.
- Đổi mới cơ chế phân bổ ngân sách cho các trường, các cơ sở đào tạo. + Cơ chế phân bổ NSNN cho các trường đại học sẽ được dựa trên công thức phân bổ trong đó các thành phần của công thức sẽ là những nhân tố cơ bản phản ánh chất lượng giáo dục. Tức là các trường đại học muốn nhận được nguồn NSNN sẽ không chỉ dựa chủ yếu trên số lượng sinh viên đào tạo mà phải phấn đấu nâng cao chất lượng giảng dạy, các hoạt động nghiên cứu khoa học để có thể nhận được sự hỗ trợ của Nhà nước.
+ Cơ chế phân bổ NSNN sẽ không phân biệt giữa các trường công lập và trường ngoài công lập. Cơ chế này được thể hiện trên 2 mặt: một là không có sự hạn chế hoặc phân biệt đối với trường nhận ngân sách nhà nước và hai là
ngân sách nhà nước sẽ dần dần được phân bổ gián tiếp cho trường trung cấp thông qua người học dưới hình thức chương trình tín dụng sinh viên. Nói cách khác, NSNN được phân bổ cho trường nào sẽ dựa trên quyết định lựa chọn trường của người học, trường đại học đó sẽ nhận được sự phân bổ NSNN dưới hình thức học phí của sinh viên.
+ Cơ chế phân bổ NSNN sẽ được xây dựng theo một lộ trình trong đó cơ cấu chi thường xuyên theo cơ chế cũ sẽ giảm dần để chuyển sang cơ chế phân bổ cạnh tranh. Giao ngân sách gắn với nhiệm vụ và sản phẩm cuối cùng, nghiên cứu đổi mới việc phân bổ ngân sách nhà nước cho các cơ sở giáo dục theo kết quả đầu tra. Các trường công sẽ phải có chiến lược “thích nghi” bằng các biện pháp tiết kiệm chi phí, nâng cao hiệu quả hoạt động giảng dạy, và từng bước thực hiện chính sách học phí phù hợp. Từng bước chuyển việc hỗ trợ ngân sách nhà nước thông qua các cơ sở đào tạo công lập sang việc hỗ trợ trực tiếp cho đối tượng thụ hưởng. Với phương thức này sẽ tạo điều kiện cho người học lựa chọn được cơ sở đào tạo chất lượng, phù hợp với nhu cầu học tập của bản thân, đảm bảo sự công bằng thực sự giữa các cơ sở đào tạo, không phân biệt cơ sở công lập hay tư thục trong việc cung cấp dịch vụ đào tạo cho xã hội.