Ở một số nước có nền chăn nuôi tiên tiến đã thay thế kháng sinh bổ sung vào thức ăn chăn nuôi như: Bổ sung axit hữu cơ vào thức ăn; Bổ sung enzyme thức ăn; Bổ sung các chế phẩm trợ sinh (probiotic) và tiền sinh (prebiotic); Bổ sung các chế phẩm giầu kháng thể; Sử dụng kháng sinh thảo dược.
Axit hữu cơ thường dùng là axit lactic, formic, fumaric, butyric...; Các axit hữu cơ này bổ sung vào thức ăn hạ thấp được pH của dịch dạ dày và dịch ruột, nhưng không ăn mòn niêm mạc ống tiêu hóa (có loại axit hữu cơ còn bảo vệ và kích thích sự phát triển của niêm mạc ruột, đó là axit butyric). Các trại chăn nuôi lợn ở châu Âu hiện nay đang coi việc sử dụng axit hữu cơ là một biện pháp quan trọng để thay thế kháng sinh [94].
Hội đồng khoa học dinh dưỡng động vật (2001) đã đánh giá các điều kiện sử dụng và đã kết luận chấp nhận sử dụng các enzym. Hiện nay các công trình nghiên cứu đang tập trung vào nâng cao chất lượng của các enzyme đã có. Ở Việt Nam, Lã Văn Kính (2002) [21] đã nghiên cứu bổ sung men Prozyme 9300 với mức 0,075% đến 0,1% vào khẩu phần ăn cho lợn thịt cho thấy lợn tăng khối lượng nhanh, hệ số chuyển hoá thức ăn thấp, chi phí cho 1kg tăng khối lượng thấp hơn.
Một biện pháp thay thế kháng sinh hiệu quả và không tốn kém là sử dụng kháng sinh thảo dược. Chế phẩm kháng sinh thảo dược thường gồm hỗn hợp các chất được chiết rút từ nhiều loại thảo dược. Các thí nghiệm bổ sung APEX (chế
phẩm từ thảo dược) tại Anh, Bỉ hay Đan Mạch đã cho thấy APEX hoàn toàn có thể thay thế được kháng sinh bổ sung vào thức ăn [19].
Ở Việt Nam, tại Viện Khoa học kỹ thuật Nông Nghiệp Miền Nam, Lã Văn Kính và cộng sự (2005) [22] đã sử dụng hoạt chất trong 17 loại thảo dược có tác dụng hoạt động như các chất kháng khuẩn và các chất chống oxy hóa. Sử dụng các chế phẩm này đảm bảo không xuất hiện dư lượng kháng sinh trong thịt lợn [41].
Các biện pháp trên đây đã góp phần rất quan trọng vào thành công của việc thay thế hoàn toàn kháng sinh bổ sung vào thức ăn chăn nuôi ở nhiều nước châu Âu. Ở nước ta, trong khi chưa loại bỏ được hoàn toàn kháng sinh trong thức ăn, các nhà chăn nuôi được khuyến cáo là nên sử dụng kháng sinh cho lợn hay gia cầm trong những giai đoạn dễ bị stress như cai sữa, chuyển đàn, chuyển mùa; các giai đoạn khác thì không dùng kháng sinh mà thay thế kháng sinh bằng việc bổ sung axit hữu cơ, enzyme, probiotic, prebiotic, chế phẩm giầu kháng thể và kháng sinh thảo dược cùng với việc áp dụng chặt chẽ các điều kiện vệ sinh và an toàn sinh học trong quy trình chăn nuôi. An toàn sinh học trong chăn nuôi có nhiều khía cạnh cần áp dụng nhưng đáng chú ý nhất là các biện pháp kiểm soát lây nhiễm cho đàn gia súc được đặc biệt quan tâm nhất là trong thời điểm mà dịch bệnh lan truyền nhanh qua các châu lục như hiện nay.