Việc thu thập chứng cứ, yếu tố quan trọng nhất liên quan đến việc xác định tội phạm, hoàn toàn do các cơ quan Nhà nước với những chức năng tố tụng khác nhau tiến hành cùng với mục tiêu tìm ra tội phạm. Bộ luật Tố tụng 2003 quy định chứng cứ là những gì có thật được thu thập theo trình tự, thủ tục quy định mà các cơ quan tiến hành tố tụng dùng làm căn cứ xác định tội phạm. Trong suốt q trình tố tụng hình sự, chỉ có các cơ quan tiến hành tố tụng mới được thu thập chứng cứ bằng cách triệu tập những người biết về vụ án để hỏi họ trình bày, trưng cầu giám định, tiến hành khám xét, khám nghiệm, v.v. Ngược lại, người bào chữa chỉ có quyền thu thập “tài liệu, đồ vật liên quan đến vụ án” và những tài liệu, đồ vật đó chỉ có thể trở thành chứng cứ khi nào nó được nộp cho các cơ quan tiến hành tố tụng và được các cơ quan này chấp nhận và đưa vào hồ sơ theo thủ tục quy định. Do đó, Bộ hồ sơ hình sự cuối cùng khi đưa ra Tồ thường có xu hướng thiên về chứng cứ buộc tội mà thiếu chứng cứ gỡ tội, bởi lẽ lúc này đối với cơ quan Điều tra và Viện Kiểm sát thì bị cáo là người có tội và Viện Kiểm sát sẽ bảo vệ quan điểm này trước Tồ án. Điều đó cũng sẽ dẫn tới tình trạng quyền được suy đốn vơ tội của bị cáo, với những chứng cứ thể hiện trong hồ sơ hình sự ở giai đoạn xét xử, khó có thể tơn trọng một cách thực sự.