Mơ hình tố tụng hiện đại của Việt Nam về cơ bản là mơ hình tố tụng thẩm vấn. Hiện diện trong suốt quá trình tố tụng là một hồ sơ vụ án hình sự (sau đây gọi là “hồ sơ hình sự”) thống nhất được lập từ giai đoạn điều tra và là nơi chứa đựng chứng cứ xác định tội phạm. Các cơ quan tiến hành tố tụng, bao gồm cơ quan điều tra, Viện Kiểm sát và Toà án là những chủ thể đóng vai trị chính trong tồn bộ q trình tố tụng và chi phối tồn bộ mơ hình tố tụng. Bộ luật Hình sự năm 2003 đã xác định một nguyên tắc rằng chính các cơ quan tiến hành tố tụng, chứ không phải là chủ thể nào khác, phải là người xác định sự thật khách quan của vụ án. Để làm điều đó những cơ quan này kiểm sốt hồn tồn nội dung của hồ sơ hình sự và những chứng cứ sẽ được xem xét để định tội.
Cơ quan Điều tra là người lập hồ sơ hình sự, sau đó hồ sơ hình sự được chuyển sang Viện Kiểm sát và Tồ án để dựa vào đó các cơ quan này xem xét việc truy tố và xét xử. Bộ luật cũng quy định rằng các cơ quan này phải có trách nhiệm xem xét các chứng cứ một cách khách quan, toàn diện và đầy đủ,
bao gồm cả các chứng cứ xác định có tội và vơ tội. Tuy nhiên khơng ai trong số các cơ quan này được pháp luật quy định một cách rõ ràng trách nhiệm trực tiếp bảo vệ quyền cơ bản của Bị can, Bị cáo đang vướng vào vòng lao lý, đặc biệt là trong giai đoạn điều tra và truy tố khi quyền cơ bản của bị can dễ bị vi phạm nhất. Viện Kiểm sát tuy có chức năng giám sát việc tuân thủ pháp luật của cơ quan Điều tra và của Tồ án nhưng đó là sự giám sát việc tn thủ pháp luật về thủ tục hơn là bảo vệ các quyền cơ bản của công dân. Hơn nữa Viện Kiểm sát cũng khơng kiểm sát chính hoạt động cơng tố của mình. Người duy nhất có động lực bảo vệ quyền cơ bản của công dân là Người bào chữa thì, như phân tích dưới đây, khơng được xếp vào số các cơ quan tiến hành tố tụng và có vị trí khá yếu trong mơ hình tố tụng. Chính những điều này làm cho quyền cơ bản của bị can, bị cáo, khi đó cịn đang được coi là người cơng dân khơng có tội theo quy định của Hiến pháp, dễ bị vi phạm mà khơng có cơ chế hữu hiệu để bảo vệ.
Trong mơ hình mang tính chất thẩm vấn của tố tụng hình sự Việt Nam, Thẩm phán cũng là người đóng vai trị chủ động đi tìm sự thật khách quan của vụ án. Thẩm phán nghiên cứu hồ sơ hình sự và biết về các tình tiết của vụ việc từ trước khi xét xử. Tại phiên toà xét xử, Thẩm phán là nhân vật chính và hồn tồn chủ động. Thẩm phán quyết định triệu tập nhân chứng, Giám định viên cũng như trình tự xét hỏi những người này tại phiên tồ xét xử. Thẩm phán ln là người đặt câu hỏi trước để làm rõ vụ án và trên cơ sở đó quyết định về sự thật khách quan của vụ án cũng như việc áp dụng pháp luật để ra hình phạt trong vụ án đó.