Nội dung nhận xét của phản biện khoa học bao gồm:
a. Phần đầu ghi đầy đủ thông tin về họ tên của phản biện, chính danh khoa học, cơ quan công tác, tên nghiên cứu viên, chuyên ngành và mã số chuyên ngành.
b. Đánh giá tính thời sự, tính cấp thiết của đề tàinghiên cứu, giá trị khoa
học, lý luận và thực tiễn của luận văn, luận án.
c. Cần phải khẳng định luận văn, luận án không trùng lặp với các đề tài đã được công bố của các tác giả trong nước và ngoài nước về cùng một lĩnh vực chuyên môn.
d. Phải nhận xét, đánh giá độ tin cậy, tính thông dụng, tính hiện đại của các phương pháp và phương tiện nghiên cứu được sử dụng để thu nhận và xử lý thông tin.
e. Cần nêu rõ ưu nhược điểm về hình thức và kết cấu luận văn, luận án, ngôn ngữ, văn phong được sử dụng để diễn đạt nội dung; các bảng số liệu, sơ đồ, biểu đồ, hình vẽ. Các ký hiệu và từ viết tắt trong luận văn, luận án.
g. Cần nhận xét sâu sắc và toàn diện về nội dung luận văn, luận án qua các chương kết quả nghiên cứu và bàn luận kết quả nghiên cứu. Tính mới lạ, khoa học và những đóng góp mới, độc đáo của đề tài khoa học. Sự phù hợp của kết quả nghiên cứu với các mục nêu (nhiệm vụ) đặt ra ban đầu. Sự hợp lý của các kiến nghị, đề xuất.
h. Có ý kiến về số lượng và chất lượng bài báo khoa học công bố theo luận văn luận án trên các tạp chí, kỷ yếu nào có giá trị khoa học hay không; các Hội nghị khoa học đã tham gia (trong và ngoài nước) và tầm cỡ của các Hội nghị này.
i. Nhận xét về nội dung và trình tự của các phần phụ lục, phần tài liệu tham khảo so với quy định chung. Đặc biệt, cần đánh giá số lượng tài liệu tham khảo đã được sử dụng thật trong luận văn, luận án.
k. Nhận xét về bản tóm tắt luận văn, luận án về nội dung, kết cấu, hình thức trình bày có phù hợp với quy định chung và phù hợp với luận văn, luận án chính hay không. l. Cuối cùng, phải khẳng định bản luận văn, luận án có đáp ứng được các yêu cầu của
luận văn, luận án giành học vị thạc sĩ, tiến sĩ hay tiến sĩ khoa học hay không và mức độ đạt (loại xuất sắc, loại khá, loại trung bình, loại yếu kém, đối với luận văn thạc sĩ; loại đạt và loại không đạt, đối với luận án tiến sĩ và tiến sĩ khoa học).