Quyết định số 03/2008/QĐ- BKHCN Về việc ban hành quy chế đánh giá viên chức chuyên ngành khoa học và công nghệ đã đưa ra những nội dung đánh giá và quy trình đánh giá đối với viên chức chuyên môn nghiệp vụ và viên chức lãnh đạo. Căn cứ vào kết quả đánh giá theo những nội dung trên, viên chức khoa học và công nghệ được phân làm 4 loại: loại xuất sắc, loại khá, loại trung bình và loại kém. Đây chính là cơ sở cho việc khen thưởng và xử lý những vi phạm của viên chức theo từng năm.
thưởng và xử lý vi phạm mới được thể hiện rõ. Theo đó, những viên chức có công trạng, thành tích và cống hiến trong công tác, hoạt động nghề nghiệp thì được khen thưởng, tôn vinh theo quy định của Nhà nước (khen thưởng, nâng lương trước thời hạn, nâng lương vượt bậc). Tuy nhiên, cho đến nay, quy trình, thủ tục và các tiêu chí xem xét các hình thức khen thưởng cho viên chức do có công trạng trong hoạt động nghề nghiệp vẫn thực hiện theo Luật Thi đua khen thưởng và các văn bản hướng dẫn. Chính phủ chưa có quy định chi tiết và cụ thể việc khen thưởng đối với viên chức. Những viên chức vi phạm các quy định của pháp luật trong quá trình thực hiện nhiệm vụ thì ngoài 4 hình thức kỷ luật là khiển trách, cảnh cáo, cách chức và buộc thôi việc, viên chức bị kỷ luật còn có thể bị hạn chế thực hiện hoạt động nghề nghiệp theo quy định của pháp luật có liên quan. Các quy định này cũng mới chỉ nằm ở Luật Viên chức chứ chưa có văn bản hướng dẫn thi hành cho nên gây rất nhiều khó khăn trong quá trình triển khai thực hiện.