Phân loại viên chức khoa học, công nghệ có ý nghĩa đặc biệt quan trọng trong công tác quản lý đội ngũ viên chức này. Phân loại viên chức khoa học, công nghệ để dễ dàng trong quản lý theo đối tượng chịu sự quản lý, đồng thời giúp cho việc xây dựng và phát triển đội ngũ viên chức khoa học, công nghệ phù hợp với tính chất và đặc điểm của từng loại viên chức khoa học, công nghệ. Theo văn bản quy định hiện hành, chúng tôi có thể phân loại viên chức khoa học, công nghệ như sau:
2.1.2.1. Theo vị trí việc làm, viên chức khoa học, công nghệ được phân loại như sau:
Viên chức quản lý khoa học, công nghệ: là người được bổ nhiệm giữ chức vụ quản lý có thời hạn, chịu trách nhiệm điều hành, tổ chức thực hiện một hoặc một số công việc trong đơn vị sự nghiệp khoa học, công nghệ công lập nhưng không phải là công chức và được hưởng phụ cấp chức vụ quản lý. Như vậy có thể đối chiếu với Nghị định số 06/2010/NĐ-CP ngày 25/10/2010 của Chính phủ xác định công chức lãnh đạo, quản lý đơn vị sự nghiệp công lập (không phải là viên chức) để loại trừ các đối tượng sau ra khỏi phạm vi phân loại: “Người đứng đầu, cấp phó của người đứng đầu; người giữ chức vụ cấp trưởng, cấp phó tổ chức của đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Chính phủ” là công chức.
Viên chức khoa học, công nghệ không giữ chức vụ quản lý (hay còn gọi là viên chức chuyên môn, nghiệp vụ): là những người được cấp có thẩm quyền giao thực hiện các nhiệm vụ cụ thể hoặc thực hiện các tác nghiệp gắn với chuyên môn, nghiệp vụ trong đơn vị sự nghiệp khoa học, công nghệ công lập.
2.1.2.2. Theo chức danh nghề nghiệp, viên chức khoa học, công nghệ được phân loại với các cấp độ từ cao xuống thấp: viên chức khoa học, công nghệ giữ chức danh hạng I; viên chức khoa học, công nghệ giữ chức danh hạng II; viên chức khoa học, công nghệ giữ chức danh hạng III; viên chức khoa học, công nghệ giữ chức danh hạng IV.
Phân loại theo chức danh nghề nghiệp nhằm phục vụ cho việc đổi mới cơ chế quản lý và tuân thủ các nguyên tắc quản lý viên chức khoa học, công nghệ. Chức danh nghề nghiệp trong Luật Viên chức đã được dùng để thay thế cho các “ngạch” dùng chung với công chức trước đây, việc sử dụng “ngạch” đối với viên chức nói chung và viên chức khoa học, công nghệ nói riêng trong một thời gian dài là không phù hợp với các công việc ứng với nghề nghiệp của viên chức, không phù hợp với tính chất, đặc điểm lao động của viên chức, nhất là lao động đặc thù (sáng tạo) của viên chức khoa học, công nghệ, tạo nên nhiều hạn chế và cản trở trong việc xây dựng và quản lý đội ngũ viên chức khoa học, công nghệ.
Phân loại theo chức danh nghề nghiệp đã thể hiện được trình độ và năng lực, kỹ năng chuyên môn, nghiệp vụ của viên chức khoa học, công nghệ. Từ đó, bảo đảm mọi chế độ, chính sách được căn cứ vào vị trí việc làm gắn với chức danh nghề nghiệp của viên chức, như: xác định cơ cấu viên chức, việc đào tạo, bồi dưỡng, đánh giá, thực hiện chế độ tiền lương và các chính sách đãi ngộ khác.
Tuy nhiên, theo Luật Khoa học và công nghệ (sửa đổi) thì viên chức khoa học, công nghệ được phân loại theo chức danh khoa học, chức danh công nghệ.
Chức danh khoa học gồm trợ lý nghiên cứu, nghiên cứu viên, nghiên cứu viên chính, nghiên cứu viên cao cấp. Chức danh công nghệ là tên gọi thể hiện trình độ và năng lực chuyên môn, nghiệp vụ của cá nhân hoạt động trong từng lĩnh vực công nghệ. Theo đó, cũng quy định chức danh khoa học, chức danh công nghệ phải gắn với vị trí việc làm phù hợp với chuyên môn và năng lực trong tổ chức khoa học và công nghệ công lập.