Hiện tại các cơ sở sản xuất, dịch vụ thải nước và rác hầu như chưa qua xử lý ra môi trường, tuy nhiên số cơ sở và quy mô hoạt động chưa lớn nên vấn đề môi trường chưa nghiêm trọng.
Hiện nay, ở khu vực nông thôn của huyện chưa nảy sinh nhiều vấn đề về rác thải, nước thải và phân súc vật. Trong thời gian tới, số lượng các cơ sở sản xuất công nghiệp, dịch vụ, du lịch trên địa bàn tăng nhanh sẽ tiềm ẩn nguy cơ cho tình trạng ơ nhiễm mơi trường của huyện. Thói quen sử dụng nhiều phân vơ cơ và thuốc trừ sâu trong sản xuất nông nghiệp cần được hướng đến sử dụng phân vi sinh, hạn chế sử dụng thuốc trừ sâu, sản xuất nông nghiệp sạch để tránh ô nhiễm môi trường. Bên cạnh đó vẫn cịn một số tồn tại như một số xã chưa có nơi tập chung rác thải nên tình trạng vứt rác thải bừa bãi vẫn xảy ra làm cho một số diện tích đất bị ơ nhiễm, vẫn cịn một số diện tích ao tù khơng có hiệu quả kinh tế. Hệ thống nghĩa địa của huyện chưa có quy hoạch, nằm rải rác trong khu dân cư cũng là nguồn gây ô nhiễm cho đất và nguồn nước. Cần có quy hoạch hệ thống nghĩa địa đi cùng với quy hoạch các điểm dân cư.
Một số điểm ô nhiễm môi trường hiện nay cần lưu ý gồm: khu tồn dư hóa chất BVTV Bản Vén (xã Đơn Phong); bãi rác thải thị trấn Phủ Thông (do nằm trên đỉnh đèo cao nên gây ô nhiễm nguồn nước), bãi rác cũng chưa được đầu tư xây dựng và cũng không sử dụng chế phẩm nào xử lý rác.
Để xử lý vấn đề mơi trường, phong trào xây dựng lị đốt rác theo quy mơ hộ và nhóm hộ đã được nhiều xã trên địa bàn huyện Bạch Thông triển khai thực hiện, qua thống kê hiện nay trên địa bàn huyện có gần 300 lị đốt rác được người dân tự bỏ tiền đầu tư xây dựng, trong đó tập trung nhiều tại các xã Đôn Phong, Quang Thuận, Quân Bình, Tân Tiến..., với chi phí chỉ từ 1- 1,5 triệu đồng/lò (cho nhóm hộ).