Công ty Cổ phần Dược Hậu Giang tiền thân là Xí nghiệp quốc doanh Dược phẩm 2/9, thành lập ngày 02/9/1974 tại Kênh 5 Đất sét, Xã Khánh Lâm (nay là Xã Khánh Hòa), Huyện U Minh, Tỉnh Cà Mau. Sau 30/4/1975, Xí nghiệp Dược phẩm 2/9 giao cho Sở Y tế Hậu Giang quản lý. Năm 1982, Xí nghiệp Liên hợp Dược Hậu Giang được thành lập trên cơ sở hợp nhất 3 đơn vị: Xí nghiệp Quốc doanh Dược phẩm 2/9, Công ty Dược phẩm Cấp 2, Trạm Dược Liệu. Ngày 02/9/2004, Cổ phần hóa Xí nghiệp Liên hợp Dược Hậu Giang thành Công ty Cổ phần Dược Hậu Giang.
Năm 2006, công ty niêm yết cổ phiếu lần đầu tại Sở giao dịch chứng khoán Tp.HCM. Năm 2013, Công ty hoàn thành dự án nhà máy mới Non Betalactam đạt tiêu chuẩn GMP WHO tại Khu công nghiệp Tân Phú Thạnh.
Hiện nay, CTCP Dược Hậu Giang có 12 Công ty con, 24 chi nhánh, 68 nhà thuốc tại bệnh viện. Các công ty con tập trung chủ yếu ở khu vực Đồng Bằng Sông Cửu Long, gồm: A&G Pharma, TG Pharma, TOT Pharma, Bali Pharma, VL Pharma, B&T Pharma, TVP Pharma,...
CTCP Dược Hậu Giang kinh doanh khoảng 398 sản phẩm được Bộ y tế cấp phép lưu hành trên toàn quốc, trong đó có 12 nhãn hàng chiếm 50% doanh thu công ty: Kháng sinh, Giảm đau - hạ sốt, Hô Hấp, Dinh Dưỡng, Cơ xương khớp, Tiêu hóa, Mắt - thần kinh, Tim mạch - tiểu đường, Gan mật, Chăm sóc da.
Thị trường xuất khẩu hiện tại của CTCP Dược Hậu Giang gồm 13 quốc gia: Moldova, Ukraina, Myanmar, Nga, Mông Cổ, Campuchia, Nigieria, Lào, Singapore, Jordan, SriLanka, Rumani, Bắc Triều Tiên. Các sản phẩm xuất khẩu chủ yếu là nhóm hàng có nguồn gốc thảo dược.
CTCP Dược Hậu Giang đã đạt được nhiều thành tích đáng kể như: top 50 Công ty niêm yết tốt nhất Việt Nam do tạp chí Forbes Việt Nam bình chọn, top 15 Thương hiệu mạnh Việt Nam, top 50 Công ty Kinh doanh hiệu quả nhất Việt Nam, Hàng Việt Nam chất lượng cao do người tiêu dùng bình chọn,...