Tình hình kinh tế bất ổn kéo theo khó khăn chung cho toàn ngành, tỷ giá ngoại tệ biến động mạnh ảnh hưởng tới chi phí đầu vào, Công ty còn chịu áp lực cạnh tranh rất lớn từ các DN nước ngoài như Ấn Độ, Trung Quốc, Mỹ,...
Giá cả nguyên liệu đầu vào cao, do chủ yếu các nguyên liệu chính đều được nhập về từ nước ngoài, tình hình tỷ giá lại biến động không ngừng, kéo theo sự gia tăng chi phí sản xuất, làm giá thành sản phẩm tăng, dẫn đến lợi nhuận từ hoạt động sản xuất kinh doanh bị kém đi.
Hệ thống pháp luật còn nhiều khe hở, các thủ tục hành chính rườm rà, không cần thiết làm cho doanh nghiệp khó hoạt động hiệu quả. Ngoài ra, các công ty nhập khẩu phải đối mặt với cuộc cạnh tranh không cân sức giữa hàng nhập khẩu và hàng nhập lậu. Chính sách hoàn thuế thực hiện chậm trễ gây ra sự lãng phí cho doanh nghiệp khi vẫn phải đi vay từ bên ngoài.
Môi trường kinh doanh chưa lành mạnh, các thông tin trên thị trường dễ bị nhiễu, bất cân xứng, thị trường tiền tệ tại Việt Nam còn chưa phát triển dẫn tới nhu cầu trao đổi hàng hóa, thanh toán, đầu tư, xuất nhập khẩu còn nhiều bất tiện.
Các quy định về sản xuất, phân phối thuốc còn mang tính thủ tục hành chính rườm rà, hình thức. Bộ y tế quy định giá thuốc ETC gây khó khăn cho các doanh nghiệp trong việc cân đối chi phí, lợi nhuận, mức độ cạnh tranh thấp, không tạo được động lực cho DN tự phát triển.
Thanh tra kiểm tra các cơ sở sản xuất và kinh doanh thuốc hiện nay chưa sâu sát, công minh, còn nhiều gian lận, hình thức và chưa xử lý nghiêm vi phạm với các DN sản xuất dược phẩm của nhà nước, gây mất niềm tin của người tiêu dùng đối với dược phẩm nội địa.