Vì ngân hàng cũng là một doanh nghiệp nên chịu sự điều chỉnh chung từ các quy định pháp luật về hoạt động M&A. Hiện nay khuôn khổ pháp lý của hoạt động này được đưa ra một cách rời rạc, phân tán trong nhiều đạo luật khác nhau như Luật Cạnh tranh 2004, Luật Doanh nghiệp 2005, Luật Đầu tư 2005 và Luật Chứng khoán 2006 cùng với nhiều văn bản dưới luật hướng dẫn kèm theo. Mỗi văn bản điều chỉnh
hoạt động M&A ở một góc độ riêng. Chẳng hạn như Luật Cạnh tranh coi đây là hình thức tập trung kinh tế thuộc nhóm các hành vi hạn chế cạnh tranh, trong khi đó Luật Doanh nghiệp xếp hoạt động M&A vào hình thức tổ chức lại doanh nghiệp. Bên cạnh đó, M&A là hình thức đầu tư trực tiếp (FDI) theo Luật Đầu tư nhưng lại là hình thức đầu tư gián tiếp (FII) trong quy định của Luật Chứng khoán.
Ngoài những quy định chung vừa nêu, các TCTD còn chịu sự chi phối của hàng loạt các văn bản luật và dưới luật khác áp dụng trong lĩnh vực ngân hàng. Bên cạnh Luật các TCTD năm 1997 và sửa đổi năm 2010, một số văn bản khác cũng được ban hành như Quyết định số 241/1998/QĐ-NHNN5 ngày 15/07/1998 về quy chế sáp nhập, hợp nhất, mua lại TCTD cổ phần Việt Nam; Nghị định 69/2007/NĐ-CP ngày 20/04/2007 về việc nhà đầu tư nước ngoài mua cổ phần của NHTM Việt Nam; Thông tư 07/2007/TT-NHNN ngày 29/11/2007 hướng dẫn thi hành một số nội dung của Nghị định 69; và Thông tư số 04/2010/TT-NHNN ngày 11/02/2010 hướng dẫn việc sáp nhập, hợp nhất và mua lại các TCTD, thay thế cho Quyết định số 241. Thông tư 04 này đã hoàng thiện nội dung của Quy chế sáp nhập, hợp nhất, mua lại TCTD cổ phần Việt Nam ban hành theo Quyết định 241; đồng thời phát huy tinh thần của Luật Cạnh tranh 2004, Luật Doanh nghiệp 2005 và tuân thủ các cam kết của Việt Nam với Tổ chức Thương mại Thế giới (WTO). Tuy nhiên, thông tư 04 vẫn bộc lộ những mặt hạn chế nhất định sau một thời gian thực hiện. Một trong những lý do dẫn đến thông tư này còn nhiều bất cập là vì nó được ban hành trước khi Luật các TCTD được thông qua ngày 16/06/2010, hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2011. Để khắc phục nhược điểm của Thông tư 04, NHNN đã xây dựng dự thảo Thông tư hướng dẫn thực hiện Điều 153 Luật các TCTD để thay thế, nhưng đến nay Thông tư này vẫn chưa được ban hành. Rõ ràng, hoạt động sáp nhập, hợp nhất và mua lại ngân hàng đang thiếu vắng văn bản quy phạm pháp luật chuyên ngành hướng dẫn cụ thể nhằm tạo hành lang pháp lý an toàn và điều kiện thuận lợi cho các TCTD tham gia.