Thực tế cho thấy, đa số các DN chế biến, sản xuất hiện nay đều thu mua nguyên liệu từ thương lái. Rất ít DN có thể liên kết thu mua trực tiếp thủy sản từ ngư dân. Bên cạnh những ưu điểm như là đáp ứng nguyên liệu phù hợp với nhu cầu của nhà chế biến và giải quyết nhanh chóng đầu ra sản phẩm cho ngư dân. Thì cơ chế thu mua thông qua thương lại cũng gặp nhiều vấn đề đáng quan tâm. Thứ nhất, nếu các thương lái quay lưng với nhà chế biến thì hoạt động sản xuất chế biến sẽ ngay lập tức bị ngưng trễ. Thứ hai, vì thu mua qua thương lái, người nông dân không thể tiếp xúc với nhà sản xuất chế biến, không nắm được xu hướng tiêu dùng của thị trường, những nhà chế biến cũng không thể phổ cập kiến thức cho người nông dân, hỗ trợ công nghệ, kỹ thuật giúp người nông dân cải thiện chất lượng sản phẩm. Bên cạnh đó, do phụ thuộc rất nhiều vào thương lái, người nông dân thường xuyên bị ép giá, tình trạng được mùa rớt giá vì thế mà diễn ra thường xuyên trong ngành thủy sản và cuối cùng người thiệt thòi nhất vẫn là những con người hoạt động đầu chuỗi giá trị thủy sản, nông dân và ngư dân.
Bên cạnh đó, hoạt động nhập khẩu thủy sản dưới dạng nguyên liệu thô để chế biến chưa thực sự phát triển tại Việt Nam, mặc dù hiện nay Việt Nam đã có nhiều dây chuyền sản xuất chế biến hiện đại tuy nhiên số dây chuyền đáp ứng được sản lượng và chất lượng chế biến chưa cao nên sản lượng hải sản thô nhập khẩu để tái sản xuất là rất ít.
Tuy ngành thủy sản đã được Nhà nước ta quan tâm đầu tư phát triển đồng bộ cả chuỗi giá trị song lĩnh vực thu mua được đánh giá là còn nhiều yếu kém khi chưa áp dụng được tối đa các thành tựu khoa học công nghệ để thiết lập mối quan hệ chặt chẽ với ngư dân và DN thu mua, nhà sản xuất, chế biến. Điều này đã làm gián đoạn chuỗi giá trị quốc tế ngành thủy sản, trực tiếp ảnh hưởng đến chất lượng và giá trị của sản phẩm.