Hiện nay, Cơ quan Thuế và Sở Kế hoạch - Đầu tư cấp tỉnh đã triển khai quy chế “một cửa liên thông” theo đó việc cấp mã số thuế, con dấu được thực hiện nhanh chóng. Thực hiện cơ chế này đã cải cách hành chính, rút ngắn thời gian trong đăng ký thuế và làm thủ tục thành lập doanh nghiệp tạo điều kiện cho doanh nghiệp nhanh chóng tiến hành các hoạt động kinh doanh. Song song với đó, ngành thuế đã xây dựng hệ thống Ứng dụng đăng ký và cấp mã số thuế đối với người nộp thuế. Đây là ứng dụng giúp cho Cơ quan thuế quản lý được về số lượng người nộp thuế, biết được các thông tin cơ bản của người nộp thuế như loại hình doanh nghiệp, tư cách pháp nhân, người đại diện theo pháp luật, vốn điều lệ, ngành nghề hoạt động kinh doanh, cơ quan chủ quản hoặc đơn vị trực thuộc, hình thức hạch toán kế toán,...
Do đặc thù của hoạt động dầu khí, mỗi HĐDK được coi như một doanh nghiệp nhưng không thành lập pháp nhân mới nên để thực hiện các công việc điều hành chung cũng như thực hiện các nghĩa vụ với Nhà nước, các nhà thầu tham gia HĐDK thống nhất thành lập một Công ty điều hành chung hoặc văn phòng điều hành chung (sau đây gọi chung là Nhà điều hành) để thay mặt các Nhà thầu dầu khí tại mỗi HĐDK thực hiện các hoạt động dầu khí và các giao dịch với nước chủ nhà.
Phù hợp với đặc thù này, Bộ Tài chính đã nghiên cứu và đưa vào một nội dung hướng dẫn riêng tại Khoản 3 Điều 3 Thông tư số 80/2012/TT-BTC ngày 22/5/2012 và Khoản 3 Điều 5 Thông tư số 95/2016/TT-BTC ngày 28/6/2016 về
đăng ký thuế. Theo đó, với mỗi HĐDK cơ quan thuế sẽ cấp riêng cho Nhà điều hành một mã số thuế 10 số, đồng thời cấp cho các Nhà thầu dầu khí tham gia trong hợp đồng này một mã số thuế 13 số theo mã 10 số nêu trên để có thể vừa quản lý nghĩa vụ thuế của từng Nhà thầu dầu khí (theo mã 13 số), vừa quản lý nghĩa vụ thuế theo HĐDK (mã 10 số), đảm bảo thu đúng, thu đủ, kịp thời vào ngân sách nhà nước nghĩa vụ thuế theo từng HĐDK, tạo thuận lợi cho người nộp thuế theo dõi nghĩa vụ thuế riêng biệt của mình và thuận lợi khi thực hiện quyết toán thuế theo từng nhà thầu hoặc theo cả hợp đồng với cơ quan thuế.
Trên cơ sở HĐDK gốc đã ký kết do Tập đoàn Dầu khí Việt Nam trình, trong thời hạn 10 ngày, Bộ Công Thương xem xét, cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Cục Thuế các địa phương sẽ thực hiện cấp mã số thuế cho HĐDK và các nhà thầu đứng tên trong giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.
Trong giai đoạn từ năm 2014-2019, số HĐDK mới ký kết là 12 hợp đồng, số lượng mã số thuế cấp cho HĐDK và các nhà thầu giai đoạn 2014-2019 như sau:
Bảng 3.4. Tổng hợp số liệu mã số thuế cấp cho hợp đồng dầu khí và nhà thầu dầu khí giai đoạn 2014-2019 TT Năm 2014 2015 2016 2017 2018 2019 1 Số HĐDK đã ký 6 2 1 1 1 1 2 Tổng MST đã cấp 20 9 8 5 6 5 3 MST cấp cho HĐ (10 số) 6 2 1 1 1 1 4 MST cấp cho nhà thầu (13 số) 14 7 7 4 5 4
[Nguồn: Tác giả tổng hợp từ Hệ thống quản lý thuế tập trung của cơ quan thuế ]
Qua bảng 3.4, từ năm 2015 đến năm 2019, số lượng HĐDK được ký giảm mạnh so với năm 2014, vì vậy, số lượng mã số thuế cấp cho các HĐDK và nhà thầu dầu khí giảm mạnh. Nguyên nhân chủ yếu là do diễn biến giá dầu thô giảm mạnh từ
trên 100 USD/thùng giai đoạn năm 2012-2014 xuống còn 30 - 50 USD/thùng giai đoạn năm 2015-2016 và khoảng 60-70 USD/thùng giai đoạn năm 2017-2019 không đủ bù đắp chi phí khai thác nên không thu hút được nhà thầu đầu tư, ký kết hợp đồng mới để tìm kiếm, thăm dò mỏ dầu khí tại Việt Nam. Ngoài ra, các Lô dầu khí còn lại của nước ta hầu hết nằm ở khu vực nhạy cảm chính trị hoặc nước sâu, xa bờ, điều kiện tìm kiếm, thăm dò, khai thác khó khăn, chi phí đầu tư lớn, rủi ro cao nên việc mời thầu cũng như triển khai ký các HĐDK mới gặp khó khăn.