Sau vấn đề nước tưới, việc bón phân cân đối, phù hợp cũng là yếu tố quan trọng nhằm bảo đảm năng suất, chất lượng và tính bền vững cho cây cà phê. Tuy nhiên, điều đáng quan tâm hiện nay là tình trạng nông dân bón phân nhiều hơn khuyến cáo, trong đó có việc lạm dụng phân vô cơ, theo đó đã gây ra nhiều hệ lụy…
Việc bón nhiều phân vô cơ, lãng phí là một chuyện nhưng vấn đề lâu dài sẽ gây ra nhiều hệ lụy khác mà không phải người nông dân nào cũng có thể nhìn ra nếu không được tiếp cận với khoa học kỹ thuật. TS. Phan Việt Hà, Trưởng Bộ môn hệ thống nông lâm nghiệp – Viện Khoa học kỹ thuật nông lâm nghiệp Tây Nguyên phân tích: Lạm dụng phân vô cơ không chỉ gây lãng phí, nếu dùng quá nhiều sẽ làm chết hệ vi sinh vật có ích, gây hiệu ứng nhà kính hoặc ngấm xuống đất làm ảnh hưởng đến môi trường. Theo thói quen, thông thường bà con nông dân bón phân làm 4 đợt: đợt 1 vào lần tưới thứ 2, đợt 2 vào đầu mùa mưa, đợt 3 giữa mùa mưa và đợt 4 vào cuối mùa mưa. Bón phân là yếu tố quan trọng và quản lý dinh dưỡng tổng hợp cho cây cà phê nên sử dụng tối đa phân hữu cơ, hạn chế sử dụng phân vô cơ. Bón nhiều phân không phải là tốt, mà phải bón cân đối, bảo đảm: Bón đúng các loại phân cần thiết; bón đủ lượng; bón đúng thời kỳ; bón đúng phương pháp. Phân hữu cơ có thể có từ nhiều nguồn như: cành lá cà phê; phân chuồng; phân hữu cơ vi sinh. Bón phân hữu cơ có nhiều ưu việt: Trong phân hữu có có tất cả các loại dinh dưỡng (N, P, K, Ca, Mg…); có thể tận dụng cành lá cà phê từ việc tạo hình cắt cành làm phân bón; làm cho đất tốt hơn; đất giữ được nhiều chất dinh dưỡng và nước hơn; giúp chống xói mòn đất. TS. Phan Việt Hà cũng khuyến cáo, để nâng cao hiệu quả bón phân thì nên cắt bỏ chồi vượt; cành vô hiêu; lấp đất sau khi bón để tránh phân bốc hơi; trồng cây chắn gió; cây che bóng lâu dài; cây họ đậu; tận dụng các chất hữu cơ trong vườn vùi (bón) lại cho đất.