Bên cạnh những thành tích đã đạt được nêu trên, thì cũng còn những khó khăn bất cập tồn tại trong quá trình triển khai thực hiện các chính sách như:
Quá trình triển khai thực hiện chính sách chưa sát thực tế nên dẫn đến nhiều biến động về số xã thuộc Chương trình. Có nhiều chính sách đang thực hiện, với nhiều chương trình, dự án khác nhau đang làm cho nguồn lực đầu tư của Nhà nước bị phân tán, dàn trải. Việc có nhiều cơ quan quản lý các chính sách và mỗi chính sách lại có nguồn vốn, cơ chế vận hành khác nhau tạo nên sự chồng chéo, trùng lặp trong quản lý điều hành, làm cho hiệu quả đầu tư chưa đạt được mục tiêu đề ra.
Nguồn đầu tư kinh phí thấp nên chưa thực sự tạo tác động mạnh mẽ giúp người DTTS rút ngắn thời gian, rút ngắn nhận thức về phát triển kinh tế, chưa giúp người dân tộc thiểu số sớm bắt kịp với tốc độ phát triển kinh tế của cả nước.
Chính sách phát triển kinh tế - xã hội vùng dân tộc thiểu số tập trung vào vấn đề hỗ trợ, chưa gắn kết được tất cả các khâu từ đầu vào đến chính sách hỗ trợ đầu ra của sản phẩm; chưa kết nối, kích cầu được doanh nghiệp đi cùng chính sách.
Chính sách hỗ trợ, đầu tư làm người DTTS trông chờ và ỉ lại chính sách, gây phản tác dụng và hiệu quả mong đợi chính sách.
Việc phân bổ nguồn vốn của một số dự án, quyết định của Chính Phủ còn quá chậm. Đến thời gian triển khai thì chính sách này không còn phù hợp do điều kiện phát triển, do sự thay đổi trong đời sống, sinh hoạt của người dân.
đói nghèo ở vùng dân tộc và miền núi An Lão còn cao hơn với mức bình quân chung của tỉnh.
Chất lượng, hiệu quả về GD - ĐT còn thấp. Công tác chăm sóc sức khoẻ cho đồng bào ở vùng cao, vùng sâu, vùng xa còn nhiều khó khăn.
Bản sắc văn hoá tốt đẹp của các dân tộc thiểu số đang có nguy cơ bị mai một. Mức hưởng thụ văn hoá của đồng bào vùng cao, vùng sâu, vùng xa còn rất thấp. Một số tập tục lạc hậu, mê tín dị đoan có xu hướng phát triển.
Hệ thống chính trị cơ sở ở miền núi còn yếu, kém hiệu lực, không sát dân, không tập hợp được đồng bào. Trình độ đội ngũ cán bộ cơ sở còn hạn chế, công tác phát triển Đảng chậm.
Một số mô hình khuyến nông tuy đạt hiệu quả khá tốt, nhưng chưa được nhân rộng. Tập quán chăn nuôi gia súc thả rông của nhân dân các xã vùng cao vẫn còn, việc dự trữ thức ăn gia súc chưa được thực hiện tốt.
Tình hình phá rừng, lấn chiếm đất lâm nghiệp còn diễn biến phức tạp ở các địa phương, nhưng công tác xử lý vi phạm của các cơ quan chức năng và chính quyền địa phương chưa tốt, còn tiềm ẩn nguy cơ tái phạm. Hiệu quả giao khoán quản lý, bảo vệ rừng ở một số nơi chưa cao, rừng giao khoán bị xâm hại. Quản lý nhà nước về giống cây lâm nghiệp còn hạn chế.
Công tác giao đất, cho thuê đất lâm nghiệp còn chậm so với kế hoạch; hiện tượng tranh giành lại đất cũ (kể cả đất đã được cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất) xảy ra nhưng chưa được xử lý dứt điểm. Tiến độ giao đất ở hàng năm còn chậm so với kế hoạch; các chủ đầu tư chưa tuân thủ các quy định về thủ tục đất đai, vẫn còn tồn tại 51 công trình chưa có hồ sơ giao đất trước khi triển khai thi công.
Phong trào văn hóa, văn nghệ, TDTT ở cơ sở phát triển chưa mạnh; công tác thông tin, tuyên truyền các nhiệm vụ chính trị của địa phương chất lượng có mặt còn hạn chế, nội dung phản ánh hoạt động ở cơ sở chưa nhiều.
Chất lượng GD - ĐT tuy có chuyển biến nhưng chưa đồng đều, một số xã vùng cao chuyển biến còn chậm. Cơ sở vật chất, trang thiết bị dạy học còn thiếu. Công tác khuyến học ở cơ sở phát triển chưa mạnh, việc xây dựng quỹ khuyến học còn nhiều khó khăn.
QLNN về y tế có mặt còn hạn chế; chất lượng khám, chữa bệnh ở một số trạm y tế xã chưa tốt, cơ sở vật chất ngành y tế chưa tương xứng với nhiệm vụ.
Công tác xuất khẩu lao động một số địa phương chưa thực hiện tốt; Việc quản lý đối tượng và phê duyệt đối tượng chính sách xã hội ở một số xã, thị trấn còn lỏng lẻo. Công tác chăm sóc, bảo vệ trẻ em tại các xã, thị trấn còn nhiều khó khăn.