Năm 2016, Đông Nam Bộ có tổng diện tích tự nhiên khoảng 2.35,9 triệu ha, đất sản xuất nông nghiệp 1.363,4 nghìn ha, đất lâm nghiệp 502,1 nghìn ha, đất chuyên dùng 221 nghìn ha, đất ở 76,3 nghìn ha (Tổng cục Thống kê, 2017).
Đông Nam Bộ có nhiều có những ưu thế về mặt vị trí địa lý, điều kiện tự nhiên, lịch sử phát triển, đặc biệt là tài nguyên nông nghiệp như đất Bazan khá màu mỡ (chiếm tới 40% diện tích của vùng), đất xám bạc màu (phù sa cổ), đất phù sa cổ tuy nghèo dinh dưỡng hơn đất badan, nhưng thoát nước tốt; khí hậu cận xích đạo với hai mùa mưa khô rõ rệch và mạng lưới thuỷ lợi được cải thiện,.... tạo điều kiện để Đông Nam Bộ phát triển các cây CNLN như cao su, điều, hồ tiêu, cà phê; cây ăn quả và cả cây CNHN như đậu tương, mía, thuốc lá… trên quy mô lớn.
Cây lâu năm là thế mạnh của Đông Nam Bộ và chiếm 27,68% diện tích cây lâu năm của toàn quốc năm 2016. Trong đó diện tích cây CNLN chiếm ưu thế (66,94%) trong tổng diện tích cây trồng của vùng và chiếm 37,44% diện tích cây CNLN của toàn quốc năm 2016; trong đó, cây cao su, cây điều thực sự trở thành sản phẩm chuyên môn hóa chính của Đông Nam Bộ: năm 2016, cao su chiếm 55,7% diện tích cao su cả nước, điều chiếm 63,27% diện tích điều cả nước. Hai loại cây này được phân bố chủ yếu ở Đồng Nai, Bình Dương, Bình Phước, Tây Ninh,... Ngoài cây cao su, cây điều, sau thập kỷ 80, Đông Nam Bộ cũng đưa cây cà phê, hồ tiêu và dâu tằm vào sản suất. Năm 2016, diện tích cà phê chiếm 5,86% diện tích cà phê cả nước, hồ tiêu chiếm 36,74% diện tích hồ tiêu cả nước và cây dâu tằm chiếm 4,75% diện tích dâu tằm cả nước.
Bên cạnh cây CNLN, Đông Nam Bộ cũng có ưu thế về một số cây CNHN như khoai mì, mía, lạc, thuốc lá,… Năm 2016, diện tích khoai mì của vùng đạt 107,8 nghìn ha, sản lượng đạt 3.123,8 nghìn tấn, chiếm 19,19% diện tích và 28.6% sản lượng khoai mì của cả nước; năng suất khoai mì của vùng đạt 29 tấn/ha, cao hơn năng suất trung bình của cả nước (19,2 tấn/ha). Diện tích và sản lượng khoai mì phân
bố nhiều nhất ở Tây Ninh (57% diện tích và 63,8% sản lượng cả vùng), kế đến là Đồng Nai (14,6% diện tích và 12,8% sản lượng cả vùng), Bình Phước (15,8% diện tích và 12.7% sản lượng cả vùng). Cây thuốc lá của vùng chiếm 16,65% diện tích cây thuốc lá cả nước, cây mía chiếm 9,33% diện tích mía cả nước, đậu các loại chiếm 9,0% diện tích đậu cả nước,.... Các loại cây này phân bố chủ yếu ở Tây Ninh, Đồng Nai, Bình Phước,....
Ngoài cây công nghiệp, Đông Nam Bộ còn có thế mạnh về cây ăn quả, đặc biệt là những loại cây ăn quả cao cấp, sản suất hàng hóa quy mô lớn. Những khu vực trồng cây ăn quả lớn là Đồng Nai tập trung tới 52,94%, Tây Ninh chiếm 18,16%, Bình Phước chiếm 9,0%, Bà Rịa Vũng Tàu chiếm 7,59%, Bình Dương chiếm 6,21% diện tích cây ăn quả của Đông Nam Bộ (Tổng cục Thống kê, 2017).
Ngoài tiềm năng to lớn đặc biệt về cây công nghiệp, Đông Nam Bộ còn có tiềm năng lớn về nuôi trồng, đánh bắt thủy sản, chăn nuôi gia súc, nhất là bò sữa ở xung quanh các thành phố nhằm cung cấp thịt, trứng, sữa cho đô thị và các khu công nghiệp. Tuy nhiên so với cả nước và các vùng khác thì số lượng còn nhỏ bé. Năm 2016, cả vùng có 337,4 nghìn con bò, 42,2 nghìn con trâu, 3.358,5 con lợn, 37.882 gia cầm, theo thứ tự chiếm 6,9% - 1,68% - 11,55% - 10,47% tổng số đàn cả nước. Bò được nuôi nhiều nhất ở TP Hồ Chí Minh (127,6 nghìn con), Tây Ninh (89,5 nghìn con), Đồng Nai (71 nghìn con), Bà Rịa - Vũng Tàu (37,5 nghìn con),....Tây Ninh có đàn trâu lớn nhất Đông Nam Bộ với 16,9 nghìn con nhưng có đàn lợn thấp nhất với 191,9 nghìn con, có số đàn lợn và gia cầm lớn nhất khu vực là Đồng Nai với 1.748,7 nghìn con lợn và 17.084 nghìn gia cầm (Tổng cục Thống kê, 2017).
Bên cạnh những thành tựu đã đạt được, phát triển nông nghiệp Việt Nam và Đông Nam Bộ vẫn còn nhiều khó khăn trong việc tiếp cận đất đai để tổ chức sản xuất. Quy hoạch sử dụng đất nông nghiệp, đặc biệt là quy hoạch các vùng nguyên liệu chưa được triển khai hiệu quả, còn thiếu sự ổn định. Quá trình tích tụ, tập trung đất nông nghiệp diễn ra chậm, chưa đáp ứng yêu cầu sản xuất, đặc biệt là sản xuất hàng hóa quy mô lớn của doanh nghiệp. Bên cạnh đó, doanh nghiệp còn gặp khó khăn trong việc tiếp cận vốn tín dụng và việc còn nhiều loại thuế, phí trong nông nghiệp cũng gây khó khăn, cản trở kinh doanh, làm tăng chi phí của doanh nghiệp.
Khó khăn nữa là thiết bị và công nghệ chế biến sau thu hoạch còn lạc hậu, kết cấu hạ tầng phục vụ bảo quản chế biến còn chưa phát triển và quy mô nhỏ nên tỷ lệ hao hụt, thất thoát cao. Phần lớn vật tư, thiết bị NN dựa vào nguồn nhập khẩu từ nước ngoài. Đội ngũ khoa học nông nghiệp tuy đông nhưng không mạnh. Nông dân hạn chế tiếp cận tín dụng NN. Biến đổi khí hậu (BĐKH) và tình trạng ô nhiễm đất nông nghiệp, suy giảm tài nguyên cũng tác động không nhỏ đến SXNN.
Trong khi đó, thị trường tiêu thụ lại không bền vững; “chuỗi liên kết” còn chưa chặt chẽ với các nhà phân phối bán lẻ lớn; chưa có tổ chức,cơ quan hỗ trợ doanh nghiệp về phân tích, dự báo thị trường, khuyến nghị về sản lượng và giá bán, “liên kết 4 nhà” chưa phát triển rộng rãi, vẫn còn xảy ra tình trạng dư thừa sản phẩm NN ảnh hưởng tới thu nhập của người sản xuất; còn nhiều hạn chế trong quản lý nhà nước và truyền thông về ATVSTP, làm ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp;....
Để khắc phục những khó khăn trên đòi hỏi các cơ quan Nhà nước, các bộ, ngành, địa phương cần tiếp tục thực hiện tốt các chính sách về NN như các giải pháp tạo quỹ đất, thúc đẩy tích tụ, tập trung đất nông nghiệp, quy hoạch các vùng đất NN, vùng nguyên liệu ổn định; đẩy mạnh tái cơ cấu, tăng cường liên kết, hợp tác kinh doanh, hỗ trợ nâng cao năng lực của các hộ nông dân, hợp tác xã theo hướng sản xuất nông sản sạch, nông sản hữu cơ; tăng cường ứng dụng KHCN tiên tiến trong sản xuất nhằm nâng cao năng lực quản trị, năng suất, chất lượng, khả năng cạnh tranh của các sản phẩm nông nghiệp.