Sự phát triển các cơ sở y tế đòi hỏi phải phát triển nguồn nhân lực y tế cả về số lượng, chất lượng và cơ cấu hợp lý, môi trường làm việc tốt với trang thiết bị hỗ trợ để phát huy năng lực khám chữa bệnh. Mặc dù trong những năm qua ngành y tế đã ban hành nhiều cơ chế, chính sách nhằm tạo điều kiện nâng cao năng lực cho các cơ sở y tế, nhất là tuyến huyện để phục vụ tốt yêu cầu khám chữa bệnh và chăm sóc sức khỏe cho nhân dân, tuy nhiên nhiều khó khăn bất cập về cơ chế chính sách chưa được tháo gỡ như:
+ Luật Khám bệnh, chữa bệnh đã quy định người hành nghề khám bệnh, chữa bệnh phải cập nhật kiến thức y khoa thường xuyên, nhưng chưa quy định rõ về hình thức cập nhật kiến thức, đơn vị nào có thể tổ chức, triển khai cũng như thời lượng cần tham gia các lớp tập huấn, hội nghị, cho từng năm hoặc hai năm.
+ Nhiều cơ sở y tế, đặc biệt là ở các khu vực khó khăn và tuyến huyện, xã, không muốn cử cán bộ đi học các khóa đào tạo chính quy, do nhiều nhân viên y tế sau khi tốt nghiệp không trở về cơ sở y tế đã cử đi học, mà xin chuyển đến các cơ sở lớn hơn, ở tuyến cao hơn. Đây là nhu cầu thật, tuy nhiên chưa có giải pháp tháo gỡ bằng cơ chế, chính sách của Nhà nước.
+ Chính sách thu hút nhân lực y tế: Hiện nay, nhân lực y tế có trình độ cao có xu hướng hướng về các đô thị lớn với điều kiện làm việc hấp dẫn. Các địa phương xa trung tâm nhất là các địa phương nghèo, có điều kiện kinh tế xã hội còn khó khăn rất khó để thu hút nhóm nhân lực này, trong khi đó, cơ chế chính sách hướng dẫn cụ thể cho vấn đề này cũng chưa được rõ ràng.
+ Khả năng đầu tư tài chính của nhà nước: Mặc dù xu thế tự chủ, tự cân đối thu chi trong ngành y tế đang được áp dụng. Song các đầu tư lớn như cơ sở vật chất, trang thiết vị hiện đại, nhất là đối với các bệnh viện tuyến huyện ở các địa phương còn khó khăn,... cần phải có cơ chế đặc thù để hỗ trợ phát triển.
+ Ngành y tế đã ban hành các văn bản quy định chức năng, nhiệm vụ của nhân viên y tế, nhưng chưa có các tiêu chuẩn kỹ năng, năng lực cần thiết cho từng loại nhân viên y tế để làm tiêu chuẩn đầu ra của đào tạo.
+ Sự thay đổi hệ thống các cơ sở y tế tuyến tỉnh, huyện trong vài năm qua theo Thông tư số 03/2008/TTLT-BYT-BN , ngày 25/4/2008, cũng đã tạo ra tình trạng khá nhiều nhân lực y tế, chủ yếu là bác sĩ, từ tuyến xã chuyển lên tuyến trên về thực chất đội ngũ này, trình độ chuyên môn thấp, trong khi các cơ sở y tế tuyến dưới lại rất cần tăng cường các bác sĩ từ tuyến trên xuống.
+ Chưa có giải pháp về cơ chế, chính sách về kinh phí nhằm tháo gỡ khó khăn hiện nay đối với công tác bồi dưỡng, nâng cao năng lực cho nhân viên y tế. Trong các dự án hỗ trợ y tế, cấu phần đào tạo chỉ chiếm một phần nhỏ, không được ưu tiên triển khai. Nhiều nhân viên y tế không thích tham gia các khóa đào tạo chuyên môn do kinh phí hỗ trợ quá thấp, ảnh hưởng đến phần thu nhập thêm. Trong khi để nâng cao chất lượng nguồn nhân lực các Trung tâm tuyến huyện thường chỉ trông chờ vào việc có kinh phí để cử cán bộ hiện đang công tác để đi đào tạo nâng cao trình độ chuyên môn,... Đây là những khó khăn, hạn chế và đang trở thành rào cản trong phát triển nguồn nhân lực của Trung tâm.