Phân phối chênh lệch thu chi của các trường phổ thông công lập được thực hiện theo hướng dẫn tại thông tư số 71/2006/TT-BTC được dùng trích lập các quỹ và thực hiện chi trả thu nhập tăng thêm cho người lao động. Tuy nhiên, đa số các trường phổ thông công lập chưa tạo lập được thu nhập tăng thêm cho cán bộ viên chức. Các trường phổ
thông công lập thực hiện quyền tự chủ về tài chính nhưng thực tế cho thấy: trong cơ cấu nguồn tài chính của các trường phổ thông công lập, NSNN giữ vai trò chủ đạo và quyết định chiếm hơn 90% các nguồn kinh phí. Nguồn NSNN là nguồn chủ yếu thực hiện chi trả cho người lao động, đầu tư trang thiết bị, tài sản phục vụ cho hoạt động chuyên môn của các trường phổ thông công lập. Định mức phân bổ chi thường xuyên cho các trường, chi con người chiếm tỷ lệ cao trong tổng chi thường xuyên do đó hạn chế quyền tự chủ của các đơn vị, mặt khác cơ cấu chi thường xuyên cho các trường thực sự kinh phí dành cho các hoạt động chi trảdịch vụ công cộng, các hoạt động quản lý hành chính chiếm tỷ lệ cao. Do đó hầu hết các trường không có kinh phí tiết kiệm được để bổ sung tiền lương tăng thêm cho người lao động và trích lập các quỹ mặc dù thực hiện tự chủ.
Các trường phổ thông công lập là đơn vị sự nghiệp hoạt động trong lĩnh vực giáo dục có nguồn thu chủ yếu từ học phí, hầu hết chưa có hoạt động tăng cường nguồn tài chính nên chỉ mới hỗ trợ được một phần cho chi thường xuyên các nội dung chi mang tính chất lương, chi hỗ trợ phục vụ công tác chuyên môn chưa tham gia vào nâng cấp cơ sở vật chất, nâng cao thu nhập cho giáo viên. Thu từ học phí theo mức quy định hầu như không tăng học phí từ năm 2010 đến nay, cấp tiểu học thực hiện phổ cập không thu học phí. Do vậy, nguồn thu này rất hạn chế.