Sơ đồ bộ máy tổ chức Công ty CPTPXK Đồng Giao đứng đầu là Đại hội cổ đông, dưới là Hội đồng quản trị và Ban kiểm soát. Hội đồng quản trị bầu ra Ban giám đốc điều hành, dưới đó là các phòng ban và đơn vị sản xuất. Ban giám đốc trực tiếp điều hành công ty. Ban kiểm soát hoạt động độc lập với Hội đồng quản trị, gián tiếp quản lý các phòng ban trong công ty. Công ty bố trí các phòng ban theo cơ cấu và phân cấp quản lí.
* Đại hội cổ đông:
- Quyết định phương hướng, nhiệm vụ phát triển, kế hoạch sản xuất kinh doanh hàng năm và dài hạn của công ty.
- Bầu hoặc bãi nhiệm thành viên hội đồng quản trị và kiểm soát viên khi cần thiết.
- Quyết định số lợi nhuận trích lập quỹ, bổ sung vốn và chia lợi nhuận cho các cổ đông.
* Hội đồng quản trị: Có thẩm quyền ra các quyết định về cơ cấu tổ chức, bộ máy điều hành của công ty, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của từng bộ phận trong công ty.
* Ban kiểm soát: Kiểm tra, giám sát việc thực hiện các công tác kế toán tài chính, giao nhận vật tư, nguyên liệu sản xuất, hàng hóa nhập và xuất kho...hoạt động của tất cả các phòng ban trong Công ty.
* Ban Giám đốc:
- Giám đốc công ty: Giám đốc là người do hội đồng quản trị bổ nhiệm có trách nhiệm điều hành mọi hoạt động của công ty theo nghị quyết của đại hội cổ đông và quyết định của hội đồng quản trị theo điều lệ của công ty và pháp luật của nhà nước về kết quả công tác điều hành của mình. Giám đốc là người có quyền điều hành công ty và quyết định cao nhất về quản lý.
- Phó giám đốc: Là người giúp giám đốc điều hành công việc mà giám đốc phân công hoặc ủy quyền, phải chịu trách nhiệm trước giám đốc công ty và pháp luật về kết quả thực hiện các công việc đó. Có hai phó giám đốc công ty: Phó giám đốc công ty phụ trách nông nghiệp và Phó giám đốc công ty phụ trách kinh doanh.
* Phòng nông nghiệp: Giúp giám đốc xây dựng và kiểm tra, đôn đốc việc thực hiện kế hoạch, biện pháp sản xuất. Nắm chắc tình hình sản xuất nông nghiệp của công ty, xây dựng điều chỉnh các quy trình kĩ thuật sản xuất, tổ chức, hướng dẫn và chỉ đạo thực hiện các quy trình đó.
* Phòng kinh doanh xuất nhập khẩu: Căn cứ vào khả năng sản xuất của công ty và nhu cầu của thị trường để xây dựng kế hoạch sản xuất vật tư, bán hàng, tham mưu cho giám đốc về công tác xúc tiến thương mại, phát triển thị trường mới, mặt hàng mới, sản phẩm mới.
* Phòng kế toán: Xây dựng và trình giám đốc quy chế quản lý và sử dụng vốn, vật tư, hàng hóa...phù hợp với luật kế toán tài chính, điều lệ hoạt động của công ty. Ghi chép và phản ánh các nghiệp vụ kinh tế phát sinh: tình hình luân chuyển chứng từ, sử dụng tài sản, kết quả sản xuất kinh doanh, kế hoạch thu chi tài chính...
* Phòng tổ chức hành chính và bảo vệ: Xây dựng quy trình tuyển dụng, đào tạo và sử dụng lao động, nghĩa vụ và các chế độ quyền lợi của người lao động theo luật lao động và phù hợp với điều lệ quy định của công ty, đáp ứng được yêu cầu sản xuất kinh doanh của công ty. Xây dựng kế hoạch tổ chức thực hiện tốt công tác trật tự, an ninh trong công ty.
* Phòng nội tiêu: Phụ trách về việc sản xuất kinh doanh và tiêu thụ sản
phẩm tại thị trường nội địa. Xây dựng các chiến lược kinh doanh, chiến lược phát triển sản phẩm của công ty trong thị trường này.
* Phòng kinh doanh bất động sản: Phụ trách việc kinh doanh về lĩnh vực đất đai của công ty. Xây dựng và thực hiện các kế hoạch phát triển về lĩnh vực địa chính.
* Phòng KCS: Nghiệm thu toàn bộ số lượng, chất lượng các nguyên liệu, nhiên liệu, vật tư đầu vào và số lượng các sản phẩm sản xuất ra, duy trì và thực hiện nghiêm ngặt các quy định về giao nhận nguyên liệu, nhiên liệu, vật tư sản phẩm. Tổng hợp, phân tích và đề xuất các biện pháp quản lí chất lượng nguyên liệu và sản phẩm.
* Đội sản xuất nông nghiệp và trạm nông vụ: Quản lí toàn bộ tài sản đất đai, vật tư tiền vốn của công ty, cho vay cùng với các biện pháp quản lí khác. Giám sát và thực hiện tốt hợp đồng giao khoán đất nông nghiệp.