Quản lý nhà nước đối với KCN cần phải có sự phân chia rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn giữa các cơ quản quản lý nhằm làm cho bộ máy đó vận hành một cách thông suốt để quản lý hiệu quả đối với hoạt động của KCN. Bộ máy tổ chức quản lý KCN cần phải gọn nhẹ, tinh giảm, hạn chế đến mức thấp nhất tệ quan liêu, giấy tờ, phiền nhiễu và tránh tình trạng cơ quan nhà nước can thiệp trực tiếp vào công việc của chủ đầu tư.
Xây dựng cơ chế đầu tư hiệu quả, thông thoáng và nhanh gọn. Cơ chế đầu tư chủ yếu liên quan đến công tác: thẩm tra dự án, cấp mới, điều chỉnh, thu hồi các loại giấy chứng nhận đầu tư.
• Thẩm tra dự án FDI.
Hoạt động này là việc nghiên cứu và phản biện một cách có tổ chức, khách quan và khoa học những nội dung cơ bản của một dự án FDI nhằm đánh giá tính hợp lí, mức độ hiệu quả và tính khả thi của dự án từ đó đưa ra quyết định cấp giấy phép hoặc từ chối cấp giấy chứng nhận đối với dự án FDI.
• Cấp, điều chỉnh, thu hồi giấy chứng nhận đầu tư trong KCN.
Sau khi thẩm định dự án FDI, cơ quan nhà nước có thẩm quyền sẽ tiến hành cấp giấy phép đầu tư cho các dự án FDI theo quyết định phân cấp giấy phép đầu tư của chính phủ.Việc phân cấp giấy phép đầu tư để hướng tới các dự án FDI có thể khác nhau về số cấp và tiêu chuẩn phân cấp cụ thể nhưng giống nhau ở một số vấn đề có tính nguyên lý chung: Đó là các dự án quy mô lớn, đầu tư vào các ngành, các lĩnh vực quan trọng của nền kinh tế quốc dân thường do các cơ quan nhà nước cao nhất nắm giữ từ đó phân cấp dần cho các cơ quan nhà nước cấp thấp hơn.
Trong qua trình thực hiện dự án, một số dự án có nhu cầu mở rộng hoặc thu nhỏ hoạt động sản xuất của mình, các cơ quan nhà nước sẽ xem xét để điều chỉnh giấy chứng nhận đầu tư cùa các dự án đó.
Đối với các dự án đã được cấp giấy chứng nhận đầu tư mà vì một lý do nào đó chưa triển khai thực hện, cơ quan nhà nước cần phải yêu cầu nhà đầu tư giải trình lý do chậm triển khai và thời gian dự định sẽ triển khai dự án. Trên cơ sở đó, cơ quan nhà nước sẽ xem xét để cho phép tiếp tục đầu tư hay thu hồi giấy chứng nhận đầu tư.