Nghề nuôi tôm phát triển hợp lý cũng góp phần tích cực trong việc sử dụng tài nguyên đất đai và môi trường và góp phần hạn chế tình trạng đất hoang hóa, tăng thu nhập của người dân và làm cho bộ mặt các vùng bãi triều được đổi mới. Tuy nhiên, trong những năm gần đây, do chạy đua theo lợi nhuận, nhiều hộ phát triển nuôi tôm tự phát, thiếu quy hoạch, không tuân thủ các quy định về kỹ thuật và môi trường,… đã và đang tạo ra những vấn đề đáng báo động liên quan đến ô nhiễm môi trường, suy thoái vùng nuôi, lan tràn dịch bệnh và xuất hiện một số vùng nuôi năm năm nào cũng xẩy ra dịch bệnh không thể nuôi bền vững được.
sử dụng các loại hoá chất, thuốc kháng sinh, chất diệt tạp,…. Đồng thời, nước thải nuôi tôm được thải trực tiếp ra ngoài môi trường không qua xử lý, nguồn chất thải ô nhiễm này sẽ đi trực tiếp ra biển, kết hợp việc qui hoạch và đầu tư cơ sở hạ tầng vùng nuôi không đảm bảo, thiếu hệ thống cấp thoát nước riêng biệt, ý thức của người dân chưa cao,… dẫn đến nguồn nước ít được trao đổi, ô nhiễm thấm vào chất đáy làm ô nhiễm nặng môi trường vùng nuôi. Về lâu dài, nguồn ô nhiễm này có thể ảnh hưởng lớn đến nguồn nước ngầm, nước phục vụ cho mục đích nông nghiệp và sinh hoạt của người dân địa phương. Để giảm thiểu ô nhiễm môi trường, người nuôi cần chú trọng việc lựa chọn thức ăn, kỹ thuật cho ăn và quản lý môi trường, đầu tư cơ sở hạ tầng đặc biệt ý thức trong việc xả thải các nguồn nước bị ô nhiễm ra môi trường.