Sau khi nhân viên giao nhận nộp bộ hồ sơ cho hải quan tiếp nhận. Hải quan tiếp nhận sẽ chuyển bộ hồ sơ cho lãnh đạo chi cục xét duyệt, quyết định hình thức và mức độ kiểm hóa cuối cùng. Có 3 mức kiểm tra thực tế hàng hóa như sau:
Mức 1: Kiểm tra 100% hàng hóa.
Mức 2: Kiểm tra 10% lô hàng, nếu không phát hiện sai phạm thì kết thúc kiểm tra, nếu có dấu hiệu vi phạm thì tiếp tục kiểm tra cho tới khi kết luận được mức độ vi phạm.
Mức 3: Kiểm tra 5% lô hàng, nếu không phát hiện vi phạm thì kết thúc, nếu phát hiện vi phạm thì tiếp tục kiểm tra cho tới khi kết luận được mức độ vi phạm. Sau đó cán bộ chi cục trả hồ sơ cho Hải quan tiếp nhận. Hải quan tiếp nhận đưa bộ hồ sơ cho nhân viên giao nhận đăng ký ngày, giờ kiểm hóa, ghi tên, số điện thoại của nhân viên giao nhận vào ở lệnh mức độ kiểm hóa và phân công trực tiếp cán bộ kiểm hóa.
Lưu ý : Trong trường hợp, sau khi Hải quan đối chiếu phát hiện có sai sót (áp mã thuế sai, doanh nghiệp còn nợ thuế …) thì Hải quan sẽ trả lại hồ sơ và yêu cầu doanh nghiệp chỉnh sửa lại.
a) Hàng nguyên container
Đăng ký chuyển bãi:
Bước tiếp theo nhân viên giao nhận sẽ tìm xem container của công ty mình đang ở vị trí nào. Khi biết được vị trí của container, nhân viên giao nhận sẽ tiến hành đăng ký chuyển bãi để kiểm hóa tại Phòng điều độ của Cảng (tối thiểu phải trước 6h đồng hồ trước khi kiểm hóa vì với khoảng thời gian đó cont mới có thể đưa được đến bãi kiểm hóa). Ở đây nhân viên giao nhận dùng một lệnh giao hàng để đăng ký, phí chuyển bãi được đóng tại thương vụ cảng. Sau đó nhân viên giao nhận
51 sẽ cầm một lệnh D/O của hãng tàu đến quầy phát hành phiếu EIR để nhận phiếu này.
Đăng ký cắt seal:
Khi biết được vị trí của container , nhân viên giao nhận mang 01 lệnh giao hàng đến Phòng điều độ của Cảng để đăng ký cắt seal và kiểm hóa. Tại đây nhân viên phòng Điều độ của Cảng sẽ đóng dấu cắt seal kiểm hóa lên lệnh và phân đội bốc xếp để cắt seal mở kiểm hóa.
Nhân viên giao nhận liên hệ với đội bốc xếp để mở seal và liên hệ trực tiếp với Hải quan kiểm hóa lô hàng mình để đội bốc xếp cắt seal trước sự chứng kiến của Hải quan kiểm hóa.
Kiểm hóa:
Sau khi việc mở container hoàn tất, hải quan kiểm hóa sẽ tiến hành kiểm tra thực tế lô hàng theo mức độ kiểm tra đã được chỉ định.
Sau khi các bộ kiểm hóa kiểm tra thực tế lô hàng xong, xác nhận hàng hóa đúng với khai báo của Công ty, cán bộ Hải quan sẽ ghi kết quả kiểm tra lên tờ khai và chuyển tờ khai sang cho cán bộ Hải quan tính thuế.
Tính thuế:
Nhân viên giao nhận sẽ gặp trực tiếp cán bộ tính thuế để xác định giá thuế phải nộp. Cán bộ hải quan sẽ tiến hành xác định giá thuế theo khai báo của Công Ty nhập khẩu xem có chính xác hay không.
Trường hợp, nếu doanh nghiệp không khai đúng, hải quan sẽ không chấp nhận giá của hợp đồng và sẽ áp lại mã tính thuế cho hàng hóa đó, điều chỉnh thuế tăng hay giảm đồng thời ra quyết định xử lý, đề nghị đại diện doanh nghiệp kí tên.
52 Trường hợp, nếu doanh nghiệp khai đúng, hồ sơ phù hợp, cán bộ hải quan sẽ chấp nhận khai báo về giá, thuế và xem xét việc ân hạn thuế dựa vào quá trình hoạt động xuất nhập khẩu của doanh nghiệp nhập khẩu nếu doanh nghiệp được ân hạn thuế thì cán bộ hải quan sẽ đóng dấu “ ân hạn 30 ngày” lên tờ khai trong trường hợp Công ty nhập kinh doanh. Sau khi có kết quả tờ khai thông quan thì nhân viên sẽ đi nhận hàng (như đã nêu đối với hàng luồng xanh).
b) Hàng lẻ
Sau khi nộp bộ tờ khai cho hải quan tiếp nhận, nhân viên giao nhận đến văn phòng kho để in phiếu kiểm hóa bằng cách ghi tên và số điện thoại của mình vào lệnh giao hàng để làm thủ tục in 02 phiếu kiểm hóa.
Sau đó đến kho hàng lẻ để nộp phiếu kiểm hóa cho thủ kho. Hàng hóa sẽ được đưa ra một nơi để kiểm hóa tập trung nên nhân viên giao nhận sẽ nộp trực tiếp 01 phiếu kiểm hóa cho thủ kho ở cổng này.
Đợi một lát, hàng sẽ ra, nếu muốn chắc chắn thì có thể hỏi thủ kho xem hàng đã ra hay chưa. Sau đó đến tìm vị trí của hàng và cũng kiểm tra xem hàng hóa có dấu hiệu gì bất thường không, nếu có thì phải báo cho kho trước khi mở lô hàng. Khi đã tìm được vị trí của lô hàng thì nhân viên sẽ gọi cho hải quan kiểm hóa xuống để kiểm hóa lô hàng. Khi kiểm hóa xong phải niêm phong hàng trước khi ra khỏi và bàn giao cho nhân viên kho, nếu không kho sẽ không chịu trách nhiệm về hàng hóa bên trong. Sau khi kiểm hóa, tính thuế xong, nếu phù hợp tờ khai sẽ đưa thông quan. Sau khi có kết quả tờ khai thông quan thì nhân viên sẽ đi nhận hàng (như đã nêu đối với hàng luồng xanh).