Theo Điều 23 NĐ số 229 – HĐBT ngày 15/08/1992, tổ chức hệ thống BHYT tại Việt Nam như sau:
để giám sát các hoạt động của BHYT ở địa phương. Số lượng thành viên Hội đồng quản trị BHYT do Bộ trưởng Bộ Y tế quy định.
1. Thành phần của Hội đồng quản trị BHYT tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương gồm: 1/3 số thành viên do chính quyền cùng cấp cử ra, gồm đại biểu các ngành Tài chính, Lao động, Y tế. 1/3 số thành viên là đại diện của cơ quan, doanh nghiệp có tỷ trọng đóng BHYT cao tham gia. 1/3 số thành viên đại diện cho người lao động đóng BHYT, do Liên đoàn Lao động hoặc Hội Nông dân đề cử tham gia.
2. Nhiệm vụ của Hội đồng quản trị.
Kiểm tra giám sát việc sử dụng quỹ BHYT theo đúng quy định của điều lệ BHYT và phát triển sự nghiệp BHYT; xử lý các tranh chấp về BHYT; quyết định các tỷ lệ điều hòa việc sử dụng quỹ trên địa bàn lãnh thổ theo từng thời gian; quyết định mức đóng, mức hưởng trợ cấp BHYT cho các đối tượng tham gia BHYT tự nguyện ở địa phương từng thời gian, cho phù hợp với tình hình kinh tế xã hội và đảm bảo an toàn quỹ; đề cử Giám đốc điều hành BHYT tỉnh, thành phố.
3. Nhiệm kỳ của Hội đồng quản trị.
Hội đồng quản trị họp thường kỳ mỗi quý 1 lần. Khi có quá 1/2 số thành viên yêu cầu thì họp hội nghị bất thường. Nhiệm kỳ của Hội đồng quản trị là một năm.
4. Về cơ cấu bộ máy và biên chế BHYT Việt Nam :
Tổ chức bộ máy giúp việc cho Giám đốc BHYT Việt Nam có 4 phòng: Phòng khai thác BHYT, phòng giám định BHYT, phòng tài chính kế toán, phòng tổng hợp gồm các bộ phận (tổ chức cán bộ, đào tạo).
BHYT Việt Nam có trách nhiệm xây dựng chức năng, nhiệm vụ, mô tả công việc cụ thể của từng phòng để trình lãnh đạo Bộ quyết định.
Mỗi phòng có 1 trưởng phòng, 1 phó phòng, riêng phòng tổng hợp có thể có 2 phó trưởng phòng để giúp trưởng phòng chỉ đạo từng mặt công tác. Giám đốc BHYT Việt Nam bổ nhiệm trưởng, phó phòng sau khi Bộ Y tế đồng ý. Biên chế của BHYT Việt Nam do Giám đốc BHYT đề xuất và được Bộ trưởng Bộ Y tế phê duyệt.
5. Về cơ cấu bộ máy, biên chế của BHYT tỉnh, thành phố và các ngành :
Tuỳ thuộc khả năng khai thác BHYT của địa phương và ngành mà BHYT tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và ngành xây dựng cơ cấu tổ chức bộ máy, biên chế của mình mà báo cáo Giám đốc Sở Y tế trình UBND tỉnh, thành phố hoặc lãnh đạo ngành quyết định sau khi có ý kiến của BHYT Việt Nam.
Các đơn vị trực thuộc tỉnh, thành phố, ngành có thể tổ chức chi nhánh BHYT quận, huyện: chi nhánh quận, huyện thực hiện BHYT bắt buộc là đơn vị hạch toán báo sổ. Mọi chi tiêu phải có dự toán sau khi được Giám đốc BHYT tỉnh, thành phố phê duyệt mới thực hiện. Chi nhánh không trực tiếp ký tên đóng dấu của chi nhánh mình vào thẻ BHYT bắt buộc.