Thứ nhất, mạng lưới cơ sở KCB chăm sóc sức khoẻ ban đầu chưa thỏa mãn nhu cầu của người dân. Ở khu vực nông thôn, trạm y tế xã là điểm tiếp cận gần dân nhất, nhưng đa số y bác sĩ ở xã ít có thời gian và thiếu điều kiện (chuyên môn, trang bị kỹ thuật, thuốc) để chăm sóc, khám, chữa bệnh cho người có BHYT. Điều này càng rõ hơn khi cần chăm sóc, theo dõi các bệnh không lây truyền ở tuyến xã. Đa số người tham gia BHYT phải đến các bệnh viện tuyến trên để đạt được mục tiêu về chất lượng dịch vụ;
Thứ hai, tình trạng KCB vượt tuyến dẫn tới sự quá tải ở tuyến trên (bệnh viện tỉnh) và sự tốn kém của người tham gia BHYT phải gánh chịu các chi phí không chính thức và chi phí cơ hội lớn ở tuyến trên; những chi phí này thường lớn hơn so với chi phí được BHYT chi trả.
Thứ ba, việc nâng cao chất lượng KCB tại các bệnh viện và cơ sở y tếlà điều kiện cần thiết để tổ chức thực hiện chính sách BHYT. Việc phát triển cơ sở KCB sẽ tạo thế cạnh tranh giữa các cơ sở KCB, bắt buộc các cơ sở KCB phải thường xuyên nâng cao chất lượng phục vụ mới hy vọng “giữ chân” bệnh nhân nói chung và bệnh nhân có BHYT nói riêng.
Thứ tư, quyền lợi của người KCB có BHYT chưa được đảm bảo :
-Việc lựa chọn danh mục, đặc biệt là danh mục vật tư sử dụng trong khám, chữa bệnh không thống nhất của các cơ sở y tế cũng làm ảnh hưởng đến quyền lợi của người bệnh. Trong khi đó, bệnh nhân vẫn đang phải trả thêm tiền cho các loại dịch vụ đó mặc dù đã được quy định trong phạm vi quyền lợi được hưởng khi tham gia BHYT. -Việc áp dụng trần thanh toán bằng 90% quỹ khám, chữa bệnh của số người đăng ký khám, chữa bệnh tại cơ sở y tế đối với chi phí khám, chữa bệnh tại cơ sở y tế đó và chi phi phát sinh của bệnh nhân tại cơ sở y tế tuyến trên dẫn tới tình trạng cơ sở y tế bắt buộc phải hạn chế quyền lợi của bệnh nhân và hạn chế chuyển bệnh nhân BHYT đi
khám, chữa bệnh tại các cơ sở y tế khác. Lãnh đạo một bệnh viện đã yêu cầu các bác sĩ không chỉ định xét nghiệm và kê đơn thuốc cho bệnh nhân ngoại trú vượt quá 100.000 đồng/đơn thuốc, phần kê vượt sẽ bị trừ vào lương.