Mặc dù đã đạt được những thành tựu nhất định trong việc quản lý, vận hành và giám sát thị trường, nhưng công tác quản lý, điều hành TTCK trong thời gian qua vẫn còn một số tồn tại và hạn chế nhất định như: công tác ban hành các văn bản pháp luật, các chính sách điều hành thị trường chưa linh hoạt, còn bị động và chậm so với yêu cầu
thực tiễn phát triển của TTCK; công tác quản lý, giám sát và cưỡng chế thực thi còn nhiều bất cập.
Do đó, trong giai đoạn tới cần tăng cường năng lực quản lý, giám sát, thanh tra và cưỡng chế thực thi của cơ quan quản lý nhà nước trong lĩnh vực chứng khoán trên cơ sở phân định rõ chức năng giám sát giữa Bộ Tài chính/UBCKNN với các bộ ngành, giữa các cấp giám sát khác nhau theo hướng chuyên biệt hóa; tăng cường vai trò giám sát của các tổ chức tự quản và tổ chức hiệp hội; thiết lập cơ chế chính thức phối kết hợp giữa các cơ quan quản lý nhà nước trong và ngoài nước trong lĩnh vực chứng khoán, ngân hàng, bảo hiểm, nhằm bảo đảm hiệu quả hoạt động giám sát, cưỡng chế thực thi, bảo đảm an toàn cho hoạt động chứng khoán và NHĐT trên TTCK Việt Nam.
Thiết lập cơ chế giám sát TTCK và các định chế tài chính hoạt động trên thị trường theo hướng chuyên sâu, chuyên nghiệp, phù hợp thông lệ quốc tế. Công tác thanh tra, giám sát của UBCKNN tập trung vào: giám sát tuân thủ các tổ chức trung gian thị trường; giám sát tuân thủ các tổ chức phát hành, tổ chức niêm yết; giám sát tuân thủ của các SGDCK, TTLKCK; bên cạnh đó, giám sát giao dịch trên TTCK nhằm phát hiện các hành vi lạm dụng thị trường; thanh tra thực hiện chức năng cưỡng chế thực thi.