Quy trình thu bảo hiểm xã hội được thực hiện ở 3 khâu: -Khâu đăng ký;
-Khâu thực hiện; -Khâu xác nhận.
Khâu đăng ký do doanh nghiệp thực hiện. Cơ quan Bảo hiểm xã hội chịu trách nhiệm đối chiếu, kiểm tra, rà soát xác định lại danh sách đăng ký của đơn vị.
Việc đặt ra trong khâu quản lý này sẽ là việc xác định các cơ sở dữ liệu đầu vào của người lao động và định hình các tiêu thức nhận dạng về người lao động cho các giai đoạn sau. Thông qua danh sách đăng ký lao động của chủ sử dụng lao động, cơ quan Bảo hiểm xã hội phải đối chiếu trực tiếp với các chứng từ, hồ sơ liên quan đến từng đối tượng trong danh sách đăng ký; xác định chính xác đối tượng tham gia và mức tham gia của từng người lao động trong quá trình thực hiện. Sau khi xác định được các cơ sở dữ liệu phục vụ cho việc triển khai công tác thu bảo hiểm xã hội, cơ quan Bảo hiểm xã hội tiến hành thu nộp bảo hiểm xã hội theo đúng quy định. Do đối tượng tham gia bảo hiểm xã hội thường xuyên biến động cho nên hàng tháng doanh nghiệp phải lập các báo cáo tăng, giảm để điều chỉnh kịp thời.
Khâu thực hiện trong quy trình thu bảo hiểm xã hội là khâu quan trọng đối với những cán bộ trực tiếp làm công tác thu bảo hiểm xã hội ở cấp tỉnh, huyện. Sau khi thực hiện thu bảo hiểm xã hội đối với các đơn vị, theo từng kỳ, cơ quan Bảo hiểm xã hội có trách nhiệm phải đối chiếu xác nhận quá trình tham gia bảo hiểm xã hội cho từng người lao động tại từng thời điểm, xác định chính xác số công nợ đã trích nộp. Để có thể đối chiếu với số liệu mà doanh nghiệp trích nộp, cán bộ chuyên quản thu bảo hiểm xã hội phải căn cứ vào các chứng từ chuyển tiền, nộp tiền của đơn vị; các giấy báo có của ngân hàng, kho bạc; các quyết định điều chuyển, tăng, giảm mức trích nộp bảo hiểm xã hội của từng người lao động. Trên cơ sở số liệu đã được đối chiếu một cách chuẩn xác, cơ quan Bảo hiểm xã hội xác nhận vào bản đối chiếu cho doanh nghiệp. Các dữ liệu liên quan đến bản đối chiếu đều căn cứ vào các chứng từ hồ sơ của người lao động (các quyết định tiếp nhận, chuyển đi quyết định lương…) và các biểu báo tăng giảm do đơn vị sử dụng lao động lập. Trên cơ sở mức trích nộp của doanh nghiệp và người lao động xác định vịệc đóng bảo hiểm xã hội từng tháng cho từng đối tượng.