Mô hình tổ chức cơ quan chính quyền đô thị trực thuộc trung ƣơng hiện nay không đủ nhanh nhạy, năng động, sáng tạo để đáp ứng các nhu cầu phát triển của đô thị. Cơ quan UBND với cơ chế hoạt động tập thể rõ ràng đang làm cho bộ máy chính quyền đô thị trở nên cồng kềnh, nặng nề, chậm chạp. Những vấn đề hàng ngày và cấp bách của đô thị khó có thể đƣợc đáp ứng, giải quyết kịp thời.
Theo mô hình cấp chính quyền kiến nghị ở trên, chỉ có một cấp chính quyền thành phố với tính chất là chính quyền cơ sở. Nhƣ vậy, tại cấp này vẫn cần cơ quan HĐND, với tính chất đại diện cho ý chí, nguyện vọng của nhân dân thành phố. Tuy đặc trƣng của dân cƣ đô thị là hợp cƣ, nhƣng rõ ràng, cả đô thị vẫn là một thực thể thống nhất, có đời sống riêng, ý chí riêng của mình. Cơ quan HĐND đƣợc bầu theo nguyên tắc phổ thông đầu phiếu và trực tiếp, với cơ chế bầu theo tỉ lệ dân cƣ của từng khu nhƣ qui định hiện hành của Luật Bầu cử đại biểu HĐND địa phƣơng năm 2003. Vì cả thành phố chỉ có một cơ quan HĐND, nên có thể tăng số lƣợng đại biểu cho cơ quan này.
HĐND có chủ tịch, các phó chủ tịch HĐND, và các ban chuyên trách của HĐND của HĐND. Chủ tịch, các phó chủ tịch và các ban chuyên trách là cơ quan làm việc thƣờng trực của HĐND. Không nên đặt thêm cơ quan Thƣờng trực HĐND thành phố, vì điều này có thể ảnh hƣởng tới nhiệm vụ, quyền hạn của cơ quan chấp hành - hành chính của thành phố. Chủ tịch HĐND là ngƣời điều hòa, phối hợp các hoạt động của HĐND, không mang tính chất quyết định hay ảnh hƣởng tới hoạt động chung của HĐND. Chủ tịch HĐND là ngƣời triệu tập các kì họp của HĐND.
HĐND thành phố bầu ra cơ quan chấp hành - hành chính của thành phố. Cơ quan này không phải là cơ quan tập thể mà là cơ quan cá nhân. Tên gọi của cơ quan này có thể là Thị trƣởng, hay Chủ tịch thành phố. Thị trƣởng là thành viên của HĐND nhƣng không đồng thời giữ các vị trí lãnh đạo trong HĐND hay các cơ quan của HĐND. Thị trƣởng thực hiện các văn bản pháp luật của chính quyền trung ƣơng cũng nhƣ HĐND thành phố, và trực tiếp điều hành các hoạt động hàng ngày của chính quyền thành phố. Thị trƣởng chịu trách nhiệm cá nhân về hoạt động của mình trƣớc nhân dân thành phố, trƣớc HĐND thành phố, và trƣớc Chính phủ. Thị trƣởng quyết định thành lập các cơ quan chuyên môn để tham mƣu cho các hoạt động của mình.
Dƣới cấp chính quyền thành phố là các quận (nếu giữ nguyên tên gọi hiện nay của cấp này), hay khu, khu phố, khu hành chính... Khu không phải một cấp chính quyền địa phƣơng, mà chỉ là một cấp hành chính, đƣợc đặt ra để quản lí một bộ phận dân cƣ, hoặc một địa phận nào đó trong thành phố. Do vậy, tại cấp này
không cần đặt ra cơ quan HĐND, mà chỉ có cơ quan chấp hành - điều hành, có thể gọi là Trƣởng khu hay Quận trƣởng. Trƣởng khu cũng là cơ quan cá nhân, chịu trách nhiệm cá nhân về các hoạt động của mình trƣớc Thị trƣởng thành phố. Để bảo đảm tính chất chính quyền của dân, do dân, vì dân, và cũng để bảo đảm cơ quan này nắm vững tình hình trong khu, có thể đặt ra cơ chế hiệp thƣơng giữa các đoàn thể của nhân dân tại khu để giới thiệu ứng cử viên lên Thị trƣởng. Thị trƣởng căn cứ vào sự giới thiệu này sẽ ra quyết định bổ nhiệm trƣởng khu.