Hiện tại, ở Tokyo có 26 thành phố, 5 thị trấn và 8 làng, và 23 phƣờng đặc biệt (gọi là “ku” trong tiếng Nhật).
Các phƣờng đặc biệt chỉ có ở Tokyo. ở khía cạnh nào đó, khu vực các
phƣờng có chức năng nhƣ một khu hành chính cấu thành trung tâm của Tokyo. Khu vực này đƣợc chia thành 23 phƣờng, mà về nguyên tắc, đƣợc hƣởng qui chế nhƣ thành phố, nhƣng trên thực tế lại phải tuân theo một cơ chế đặc biệt đƣợc thiết kế để đáp ứng nhu cầu của vùng đô thị. Chính quyền vùng đô thị Tokyo (Tokyo
Metropolitan Government - TMG), với tƣ cách là chính quyền vùng, thực hiện một số chức năng hành chính mà lẽ ra do thành phố thực hiện - ví dụ, đánh thuế và thu một phần thuế đô thị trên khu vực này.
Bên cạnh các phƣờng đặc biệt, vùng đô thị Tokyo còn có 39 đô thị - 26 thành phố (shi), 5 thị trấn (cho) và 8 làng (son) - là những đơn vị hành chính thông thƣờng. Hệ thống hành chính và tài chính của chính quyền vùng đô thị cũng nhƣ những đô thị trong lòng nó tƣơng tự nhƣ chính quyền vùng nói chung. Chính quyền vùng và các đô thị cùng hoạt động bình đẳng trong những lĩnh vực nhƣ nhau; chính quyền vùng đô thị xử lí các công việc hành chính tổng quát, còn các đô thị thực hiện các dịch vụ sát với đời sống hàng ngày của cƣ dân địa phƣơng.
Cơ cấu chính quyền của Tokyo nhƣ sau:
- Cơ quan lập pháp của Tokyo là Hội đồng vùng đô thị Tokyo: Gồm 127 thành viên đƣợc cử tri Tokyo bầu trực tiếp với nhiệm kì 4 năm.
+ Chủ tịch Hội đồng: do các đại biểu hội đồng bầu ra. Chủ tịch Hội đồng đại diện cho hội đồng, chủ tọa các phiên họp và giám sát công việc của hội đồng. Chủ tịch cũng là ngƣời phát ngôn của hội đồng. Giúp việc cho hội đồng có một ban thƣ kí. Chủ tịch hội đồng bổ nhiệm, bãi nhiệm nhân viên của ban này.
+ Các ủy ban: Hội đồng thành lập các ủy ban nhằm bảo đảm giải quyết đƣợc tất cả các vấn đề phát sinh đối với chính quyền. Các ủy ban có hai loại: ủy ban thƣờng trực, và ủy ban đặc biệt, do hội đồng thành lập để xử lí các vấn đề đặc biệt.
Hội đồng vùng đô thị Tokyo là cơ quan lập pháp chính của vùng đô thị Tokyo. Nó có thẩm quyền ban hành, sửa đổi và hủy bỏ các văn bản pháp luật cấp vùng, phê chuẩn ngân sách thông qua nghị quyết của hội đồng, bầu ra các thành viên của ủy ban quản lí bầu cử. Bên cạnh đó, những quyết định bổ nhiệm quan trọng của thống đốc, nhƣ bổ nhiệm phó thống đốc và tổng đốc, cần có sự nhất trí của hội đồng. Đại diện cho ngƣời dân Tokyo, hội đồng có quyền thanh tra, giám sát tất cả các mặt của hoạt động quản lí hành chính.
- Cơ quan hành pháp gồm có:
+ Thống đốc thành phố: Do cử tri bầu trực tiếp, có vai trò đại diện cho vùng đô thị Tokyo. Với nhiệm kì 4 năm, thống đốc có toàn quyền kiểm soát các công việc của vùng đô thị, có quyền hạn và trách nhiệm duy trì sự thống nhất chung của hoạt động quản lí hành chính vùng. Tại khu vực 23 phƣờng đặc biệt, thống đốc có thẩm quyền nhƣ một thị trƣởng.
+ Các cơ quan trực thuộc: Giúp việc cho thống đốc có các phó thống đốc, một tổng đốc, và các cơ quan khác. Tại thời điểm ngày 01/04/2005, có tổng cộng 171.283 nhân viên làm việc trong các cơ quan này.
- Chính quyền cấp đô thị: Bao gồm Hội đồng đô thị và thị trƣởng. Cả hai cơ quan này đều do nhân dân đô thị trực tiếp bầu ra. Nhƣ đã nói ở trên, cấp đô thị trực tiếp xử lí các công việc liên quan đến cƣ dân đô thị. Đây không hẳn là cấp dƣới của chính quyền vùng đô thị, mà là những đơn vị hành chính tự trị trong lãnh thổ vùng đô thị [66].