Ban giám đốc: gồm 01 giám đốc và 01 phó giám đốc. Ban giám đốc là những người trực tiếp chỉ đạo, điều hành, quản lý toàn bộ hoạt động kinh doanh của Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn thành phố Nha Trang. Giám đốc Chi nhánh do Giám đốc NHNo&PTNT tỉnh Khánh H òa quyết định trên cơ sở quy hoạch được Hội đồng quản trị NHNo&PTNT Việt Nam ph ê duyệt và chịu trách nhiệm chính và điều hành trực tiếp mọi hoạt động kinh doanh của chi nhánh. Giúp việc cho Giám đốc có Phó giám đốc – trợ giúp Giám đốc trong việc quản trị điều hành phòng kế toán và trực tiếp chịu trách nhiệm về hoạt động n ày.
Phòng tổ chức hành chính: gồm 02 người. Thực hiện những công tác mang tính chất hành chính phục vụ cho guồng máy hoạt động kinh doanh của ngân h àng, thực hiện công tác quản trị, hậu cần, phục vụ công tác v à đời sống của cán bộ nhân viên của Ngân hàng.
Phòng tín dụng và kế hoạch: gồm 11 người.
+ Về tín dụng: là bộ phận giữ vai trò quan trọng trong cơ cấu hoạt động của ngân hàng có chức năng chuyên sâu về nghiệp vụ tiền tệ, tín dụng, đầu tư, chiết khấu,... nhằm đáp ứng nhu cầu về vốn vay v à các dịch vụ ngân hàng khác của các tổ chức kinh tế, dân cư. Nghiên cứu xây dựng chiến lược khách hàng tín dụng, thẩm định và đề xuất cho vay các dự án tín dụng, đầu mối thự c hiện thông tin phòng ngừa rủi ro và xử lý rủi ro tín dụng, thực hiện các nghiệp vụ kinh doanh v à đầu tư chứng khoán, hoạt động kinh tế đối ngoại.
+ Về kế hoạch: chuyên nghiên cứu, đề xuất chiến lược kinh doanh, chiến lược huy động vốn, cân đối nguồn vốn, sử dụng vốn và điều hòa vốn kinh doanh, xây dựng kế hoạch kinh doanh theo định hướng kinh doanh của ngân hàng.
Phòng kế toán: gồm 23 người. Thực hiện các nghiệp vụ thanh toán trong v à ngoài nước như thanh toán liên ngân hàng theo h ệ thống Ngân hàng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn, thanh toán bù trừ giữa ngân hàng với ngân hàng khác và các tổ chức tín dụng, các doanh nghiệp với nhau. Phân tích kết quả hoạt động kinh doanh, tình hình tài chính của ngân hàng.
+ Bộ phận huy động vốn (tiết kiệm): thực hiện các nghiệp vụ liên quan đến huy động vốn.
+ Bộ phận ngân quỹ : thực hiện các nghiệp vụ thu chi các khoản tiền trong ngân hàng như : hoạt động giải ngân, thu hồi nợ gốc v à lãi vay.