Trong khi người nghiên cứu hoàn toàn thụ động trong nghiên cứu phân tích quan sát thì trong nghiên cứu thực nghiệm họ chủ động chỉ định đối tượng nghiên cứu nhận một loại thuốc hay một phương pháp điều trị, phòng bệnh. Do đó, họ phải cân nhắc các khía cạnh đạo đức, khả năng thực hiện và giá thành của nghiên cứu.
1. Đạo đức
Sự cân nhắc về đạo đức đã loại bỏ nhiều nghiên cứu đánh giá các thuốc, vacxin hay phương pháp điều trị trong nghiên cứu thực nghiệm:
- Người nghiên cứu không được phép chỉ định nghiên cứu những chất được biết là độc hại. - Tương tự, những liệu pháp điều trị được biết là có hiệu quả phải được áp dụng cho tất cả các cá thể bị bệnh.
2. Khả năng thực hiện
Sự chấp nhận rộng rãi một phương pháp điều trị hay phòng bệnh trong quần thể tổng quát có thể ảnh hưởng đến khả năng thực hiện nghiên cứu.
Khó xác định được một quần thể đủ lớn các cá thể mong muốn tiếp cận một loại thuốc, vacxin hay
một phương pháp điều trị mới, nếu không có bằng chứng rõ ràng khẳng định tính hiệu quả.Do đó, tốt
nhất nên thử nghiệm ngẫu nhiên khi một loại thuốc hay một phương pháp lần đầu tiên được áp dụng.
3. Giá thành
Trước đây, việc thực hiện các nghiên cứu thực nghiệm thường tốn kém hơn so với các nghiên cứu quan sát. Từng đối tượng nghiên được thử nghiệm thuốc, vacxin, phương pháp điều trị và đánh giá, nên giá thành của thử nghiệm lâm sàng thường tốn kém. Gần đây, người ta bắt đầu tiến hành các thử nghiệm lớn với quy trình hợp lý được thiết kế cận thận để giảm giá thành và thời gian nghiên cứu.